Cổ phần phát hành lần đầu là 125 triệu cổ phần, trong đó, 63,75 triệu cổ phần do Nhà nước nắm giữ, chiếm 51% vốn điều lệ; hơn 60,8 triệu cổ phần bán đấu giá công khai cho các NĐT thông thường, chiếm 48,66% vốn điều lệ. Sau năm 2015, cơ quan đại diện chủ sở hữu phần vốn nhà nước tại SEAPRODEX sẽ thực hiện thoái vốn để nhà nước nắm giữ dưới 51% vốn điều lệ.
Trước mắt Bộ NNN&PTNT là cơ quan đại diện chủ sở hữu phần vốn nhà nước tại SEAPRODEX- công ty cổ phần; sau 1 năm kể từ khi chính thức chuyển thành công ty cổ phần thì chuyển quyền đại diện chủ sở hữu phần vốn nhà nước về Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn nhà nước. Cơ quan đại diện chủ sở hữu phần vốn nhà nước tại SEAPRODEX thực hiện đăng ký giao dịch và niêm yết theo quy định.
