Theo đó, chế độ ưu tiên này được áp dụng cho 3 loại DN: DN được ưu tiên trong xuất nhập khẩu tất cả các mặt hàng, loại hình xuất nhập khẩu (loại 1); DN được ưu tiên trong xuất khẩu hàng hóa là nông sản, thủy sản, dệt may, da giày và nhập khẩu hàng hóa là nguyên phụ liệu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu (loại 2); DN được cấp giấy chứng nhận là DN công nghệ cao được ưu tiên trong nhập khẩu hàng hóa phục vụ sản xuất, xuất khẩu sản phẩm công nghệ cao (loại 3).
Trong đó, DN ưu tiên loại 2 được bổ sung thêm các đối tượng xuất khẩu hàng hóa là dệt may, da giày và nhập khẩu hàng hóa là nguyên phụ liệu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu. Cũng theo Thông tư 86, thời hạn áp dụng chế độ ưu tiên cho DN là 24 tháng, tăng thêm 12 tháng so với quy định hiện hành.
Các DN được ưu tiên ở nhiều thủ tục, đáng chú ý là được ưu tiên áp dụng chế độ tự thanh khoản, hoàn thuế trước, kiểm tra sau và không phải nộp tiền chậm nộp, không bị xử lý vi phạm hành chính về hải quan, về thuế đối với các trường hợp bị ấn định thuế do mã số hàng hóa đã được cơ quan hải quan thống nhất, thẩm định trước đó không đúng và DN vẫn được coi là tuân thủ pháp luật.
