Mức thu phí trọng tải tàu, thuyền; phí sử dụng vị trí neo, đậu tại khu nước, vùng nước; phí xác nhận kháng nghị hàng hải (gọi chung là phí cảng vụ hàng hải) và lệ phí ra, vào cảng biển thực hiện theo Thông tư số 261/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về phí, lệ phí hàng hải và biểu mức thu phí, lệ phí hàng hải và Thông tư sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế (nếu có).
Về quản lý, sử dụng phí, lệ phí, Thông tư quy định, các Cảng vụ hàng hải có trách nhiệm nộp 100% tổng số tiền lệ phí ra, vào cảng biển thu được vào ngân sách trung ương.
Các Cảng vụ hàng hải được để lại 57% tiền phí thu được để trang trải chi phí theo quy định, trong đó bao gồm chi đặc thù của Cục Hàng hải Việt Nam theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ và nộp 43% tiền phí thu được vào ngân sách trung ương.
Số tiền phí để lại được quản lý và sử dụng theo quy định tại Nghị định số 120/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí; trong đó, bao gồm các nội dung chi: Các khoản chi thường xuyên khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí của các Cảng vụ hàng hải như chi bồi dưỡng nâng cao trình độ nghiệp vụ chuyên môn; chi bảo hộ lao động hoặc đồng phục theo chế độ quy định; chi quản lý, vận hành thường xuyên phục vụ hoạt động của hệ thống giám sát, điều khiển tàu thuyền đảm bảo an toàn hàng hải trên luồng hàng hải (hệ thống VTS); chi phí hoạt động phục vụ công tác cải cách hành chính tại cảng biển thuộc nhiệm vụ của cảng vụ hàng hải.
Chi nhiệm vụ không thường xuyên của các Cảng vụ hàng hải: Bảo trì, bảo dưỡng, sửa chữa hệ thống VTS và trang thiết bị phục vụ công tác đảm bảo an toàn, an ninh hàng hải của cảng vụ hàng hải tại khu vực cảng biển; chi thuê trụ sở, đại diện cảng vụ hàng hải, bến ca nô, bến tàu công vụ (nếu có); chi cho công tác tìm kiếm cứu nạn người, hàng hóa, phương tiện, tàu biển bị tai nạn; chi xử lý công việc có liên quan đến phòng ngừa ô nhiễm môi trường trong vùng nước cảng biển.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 18/4/2017 và áp dụng từ năm tài chính 2017.
