Theo kết luận của Thanh tra TP, tính đến 30-6-2009, APT lỗ tổng cộng 169,762 tỷ đồng, chưa kể những khoản nợ lớn, mà phần lớn là với nông dân.
APT (tiền thân là doanh nghiệp nhà nước trực thuộc Tổng Công ty Thương mại Sài Gòn - SATRA) có một trạm kinh doanh xuất nhập khẩu và 7 đơn vị trực thuộc hạch toán báo sổ chuyên về sản xuất chế biến xuất khẩu, nuôi trồng và kinh doanh dịch vụ nội địa.
Hàng năm, các đơn vị trực thuộc tự xây dựng kế hoạch sản xuất kinh doanh để trình APT phê duyệt. Tổng giám đốc APT giao quyền cho các đơn vị chủ động trong việc điều hành sản xuất kinh doanh, APT chịu trách nhiệm cung cấp vốn cho đơn vị. Do hoạt động sản xuất kinh doanh của APT chủ yếu thực hiện tại các đơn vị trực thuộc nên Thanh tra TP đã làm rõ tại 4 đơn vị thành viên (Xí nghiệp Nuôi trồng, Xí nghiệp Bình Thới, Xí nghiệp Chợ Lớn và Xí nghiệp Thắng Lợi) và một số nội dung khác của APT.
Thống kê của Thanh tra TP cho thấy, lỗ do lãi suất tăng chiếm khoảng 33,578 tỷ đồng, lỗ do chênh lệch tỷ giá USD khoảng 7,668 tỷ đồng, lỗ do chênh lệch giá vàng khoảng 19,598 tỷ đồng, lỗ do hoạt động sản xuất kinh doanh chiếm hơn 44,9 tỷ đồng (riêng tại Xí nghiệp Nuôi trồng và Xí nghiệp Chợ Lớn lỗ tổng cộng 16,818 tỷ đồng), lỗ từ những khoản công nợ khó đòi chiếm 57,289 tỷ đồng.
Thanh tra TP nhận định: Ngoài những yếu tố khách quan, kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của các đơn vị còn xuất phát từ những yếu kém trong quản lý và các sai phạm. Đối với APT, cơ cấu tổ chức bộ máy bộc lộ nhiều bất cập, buông lỏng quản lý trong điều hành sản xuất kinh doanh đơn vị thành viên. Quản lý sử dụng vốn không chặt chẽ để vốn bị chiếm dụng nhiều nhưng thiếu ràng buộc và biện pháp chế tài dẫn đến khả năng thu hồi chậm hoặc mất vốn trong lúc vẫn phải trả lãi ngân hàng. Áp dụng cơ chế khoán nhưng thiếu những biện pháp quản lý chặt chẽ, không sâu sát và không nắm được toàn bộ hoạt động của các xí nghiệp thành viên, từ đó không có chỉ đạo cụ thể hoặc tìm ra những nguyên nhân lỗ để có biện pháp khắc phục và xử lý trách nhiệm cá nhân.
Bên cạnh đó, APT còn vay của Ngân hàng Phương Nam 206 tỷ đồng để trả nợ cho Ngân hàng Á Châu và Sàn Giao dịch II - Ngân hàng Đầu tư và phát triển Việt Nam nhưng đến nay, khi các ngân hàng cho vay đảo nợ, thúc ép thanh lý tài sản để thu hồi nợ, APT không thể cân đối để đảm bảo các khoản nợ đã và đang đến hạn.
Theo hồ sơ do APT cung cấp, từ tháng 6-2006, APT bắt đầu ký hợp đồng mua bán hàng nội địa với Công ty CP Bảo Vinh, đến tháng 3-2007, APT đã ký 14 hợp đồng với tổng trị giá hàng giao cho Bảo Vinh hơn 38,4 tỷ đồng.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng, Công ty Bảo Vinh có biểu hiện chậm thanh toán. Tính đến cuối năm 2006, Bảo Vinh còn nợ gần 7 tỷ đồng nhưng APT lại tiếp tục ký hợp đồng ủy thác cho Bảo Vinh mà không ràng buộc công ty này yêu cầu khách hàng nước ngoài thanh toán vào tài khoản của APT, từ đó không quản lý được việc thanh toán của nước ngoài, để cho Bảo Vinh chiếm dụng vốn. Đến nay, Công ty Bảo Vinh đã ký xác nhận nợ với APT còn hơn 51,8 tỷ đồng, trong đó nợ vốn hơn 42 tỷ đồng, còn lại là nợ lãi và những khoản nợ này chưa thu hồi được.
