Hội đồng xét xử xét thấy Phạm Hải Bằng (49 tuổi), nguyên Phó giám đốc Ban quản lý các dự án đường sắt Việt Nam, nguyên Chủ nhiệm dự án tuyến số 01 là người chịu trách nhiệm chính trong Ban quản lý dự án, nhưng lại trực tiếp đàm phán nêu khó khăn của Ban quản lý với đối tác Nhật Bản để nhà thầu Nhật chi tiền hỗ trợ.
Bằng cũng nhiều lần gọi điện thoại, viết email cho nhà thầu Nhật Bản để đề cập đến việc chi tiền. Đồng thời, Bằng nhiều lần chỉ đạo Phạm Quang Duy, Nguyễn Nam Thái nhận tiền. Bằng là người cầm đầu giữ vai trò chính, giữ và hưởng phần lớn số tiền.
Phạm Quang Duy (40 tuổi), nguyên Trưởng phòng Dự án 3, Điều phối viên Dự án tuyến số 01; quá trình thực hiện hợp đồng với nhà thầu JTC, Duy cũng sách nhiễu nhà thầu, đã 3 lần nhận tiền từ JTC, bị cáo mang tiền Yên Nhật đổi sang VND để chi tiêu. Bị cáo giữ vai trò đồng phạm tích cực, cần có hình phạt nghiêm khắc.
Nguyễn Nam Thái (38 tuổi) – Phó trưởng phòng Dự án là chuyên viên kỹ thuật dự án. Bị cáo được biết việc nhà thầu JTC đưa tiền và tham gia soạn thảo và ký kết hợp đồng, gửi email yêu cầu nhà thầu JTC chuyển tiền. Bị cáo đã nhận 3,4 tỷ đồng. Nguyễn Nam Thái giữ vai trò đồng phạm tích cực cần có mức hình phạt cao sau bị cáo Bằng.
Các cựu giám đốc Ban quản lý các dự án đường sắt Việt Nam:
Trần Văn Lục (57 tuổi), Giám đốc trong giai đoạn ký kết hợp đồng, trong vòng 20 ngày, bị cáo chứng kiến tham gia buổi lễ, tại đây bị cáo biết việc Bằng chỉ đạo Duy nhận 3 triệu yên. Với cương vị Giám đốc Ban quản lý, Lục có thể yêu cầu chấm dứt việc nhận tiền, nhưng không làm mà để mặc. Trần Văn Lực đã nhận tiền biếu Tết là 100 triệu đồng. Bị cáo Lục là đồng phạm trong giai đoạn nhận 3 triệu yên.
Trần Quốc Đông (51 tuổi), trong 2 năm làm giám đốc, bị cáo được Bằng cho biết Tổ dự án nhận tiền từ nhà thầu JTC, nhưng bị cáo không ngăn chặn, không chỉ đạo chấm dứt, để mặc Bằng, Thái nhận tiền và sử dụng. Bị cáo ký giải ngân khi công việc của nhà thầu chưa hoàn thành. Bị cáo có vai trò đồng phạm và có hưởng lợi cá nhân.
Nguyễn Văn Hiếu (53 tuổi) là Giám đốc từ tháng 6/2011 – 5/2014, là giám đốc nhiều năm nhất trong thời gian triển khai dự án. Bị cáo Hiếu được Bằng, Thái cho biết các bị cáo thường xuyên nhận tiền từ nhà thầu JTC. Với trách nhiệm là giám đốc bị cáo phải tích cực ngăn chặn việc này nhưng các bị cáo đã để mặc. Số tiền giải ngân cho dự án trong thời gian này là cũng lớn nhất.
Bản án nhận định hành vi của các bị cáo là nghiêm trọng, xâm hại đến lợi ích của người khác, gây ảnh hưởng tới quan hệ của Việt Nam với Nhật Bản và với các nước khác. Thực tế, sau khi phát lộ vụ việc nhiều dự án oda khác đã bị tạm dừng, bản thân dự án này tạm dừng toàn bộ và chưa biết đến khi nào triển khai có thể triển khai tiếp. Việc này đã làm gián đoạn, ngưng trệ quá trình xây dựng đổi mới hệ thống đường sắt Việt Nam, gây ảnh hưởng xấu đến kinh tế.
Tuy nhiên, khi lượng hình, Hội đồng xét xử đã cân nhắc việc các bị cáo sử dụng số tiền nói trên vào mục đích chung, các bị cáo có nhân thân tốt, thành khẩn khai báo, khắc phục một phần hậu quả. Gia đình các bị cáo có người có công với đất nước, nên xem xét giảm nhẹ. Hội đồng xét xử đã tuyên phạt:
Phạm Hải Bằng bị tuyên phạt 12 năm tù giam
Phạm Quang Duy bị tuyên phạt 8 năm 6 tháng tù giam
Nguyễn Nam Thái bị tuyên phạt 11 năm tù
Trần Văn Lục bị tuyên phạt 5 năm 6 tháng
Nguyễn Văn Hiếu, Trần Quốc Đông cùng bị tuyên phạt 7 năm 6 tháng
Đồng thời, bản án còn buộc các bị cáo cùng phải chịu trách nhiệm nộp lại số tiền 11 tỷ đồng và kê biên nhà đất của các bị cáo để đảm bảo thi hành án.