Bị cáo chính của vụ án là cựu Tổng giám đốc của Intimex Hà Nội Nguyễn Thăng Long (SN 1960, trú tại quận Hoàn Kiếm, Hà Nội) và đồng phạm là cấp phó Nguyên Trọng Hải (SN 1964, trú tại Đống Đa, Hà Nội), bị cáo buộc có hành vi phạm vào hai tội: Cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế và Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Ở hành vi cố ý làm trái quy định, Nguyễn Thăng Long bị quy kết đã ký kết hợp đồng vượt thẩm quyền. Cụ thể, năm 2008, Long đã thỏa thuận hợp tác đầu tư có giá trị hơn 10 tỷ đồng với Công ty Phú Mỹ, nội dung Intimex Hà Nội đầu tư vốn, Công ty Phú Mỹ mua củ sắn về sản xuất tinh bột sắn, sản phẩm thu được hai bên cùng tìm đối tác xuất khẩu, lợi nhuận chia đôi…
Theo cáo buộc, Intimex Hà Nội có vốn điều lệ 10 tỷ đồng. Theo quy định tại Điều 104, Điều 108 Luật Doanh nghiệp 2005, việc đầu tư tài sản có giá trị hơn 50% giá trị tổng tài sản phải được HĐQT, ĐHCĐ quyết định. Tuy nhiên, việc đầu tư của Long không được thông qua HĐQT, ĐHCĐ.
Để hợp thức hóa việc chuyển 10,725 tỷ đồng (vốn vay ngân hàng), Nguyễn Thăng Long đã chia nhỏ thành nhiều hợp đồng với Công ty Phú Mỹ. Long yêu cầu cấp dưới là Nguyễn Trọng Hải lập khống 3 hợp đồng mua tinh bột sắn từ Công ty Phú Mỹ để bán lại cho đối tác nước ngoài. Nhưng trên thực tế, không có đối tác nước ngoài mà thực chất là chuyển tiền cho Công ty Phú Mỹ theo thỏa thuận đầu tư ban đầu.
Số tiền hơn 10 tỷ đồng từ Intimex Hà Nội chuyển sang, Công ty Phú Mỹ đã dùng để mua sắn, sản xuất tinh bột sắn, nhưng do thị trường biến động không xuất khẩu được, tồn kho nhiều, giá bán thấp nên mới trả được cho Intimex Hà Nội 5 tỷ đồng. Phần nợ còn lại được gán bằng 70.000 m2 đất tại Phù Yên, Sơn La và lô đất thuê 31.800 m2 ở Việt Trì, Phú Thọ.
Đến thời điểm vụ án bị khởi tố, Công ty Phú Mỹ hoàn trả đủ số tiền hơn 10 tỷ đồng. Cơ quan điều tra xác định, Intimex Hà Nội chỉ còn bị thiệt hại số tiền lãi phải trả cho ngân hàng là 7,8 tỷ đồng.
Ở hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn, Long bị cáo buộc đã lấy tiền của Công ty tham gia góp vốn mua đất với Trần Thị Lan Anh (Phó giám đốc Công ty Vĩnh Hiệp, đơn vị bán café cho Intimex Hà Nội). Cụ thể, vào tháng 1/2008, Long đã chỉ đạo để Intimex Hà Nội chuyển 15 tỷ đồng vào tài khoản Công ty Vĩnh Hiệp, ghi là mua café, nhưng thực chất là cá nhân Long góp vốn kinh doanh bất động sản.
Để có tiền chuyển đi, Long đã yêu cầu nhân viên dưới quyền làm giả các hợp đồng mua café với Vĩnh Hiệp và hợp đồng bán café cho đối tác nước ngoài. Những hợp đồng này được dùng để đưa vào hồ sơ vay vốn ngân hàng Vietcombank, VIB, Agribank.
Ngoài tiền của Long còn tiền của 2 cá nhân khác (Trần Thị Lan Anh và Ngô Thu Hoa) góp được 30,1 tỷ đồng dùng để mua 8 lô đất. Do giá bất động sản xuống, nên đất không bán được. Trước khi vụ án bị khởi tố, Lan Anh và Hoa đã trả lại cho Long đủ số tiền 15 tỷ đồng. Như vậy, số tiền gốc đã được hoàn trả đủ cho Intimex Hà Nội. Công ty này chỉ còn thiệt hại số lãi vay ngân hàng là 8,3 tỷ đồng.
Tổng số tiền thiệt hại của Intimex Hà Nội được xác định là hơn 16 tỷ đồng.
Tại phiên tòa diễn ra vào tháng 1/2015, Nguyễn Thăng Long không thừa nhận đã phạm tội và khẳng định các hợp đồng ký kết với Công ty Phú Mỹ là các hợp đồng kinh doanh, không phải hợp đồng đầu tư. Đó là hoạt động kinh doanh bình thường của doanh nghiệp và theo quy định tại Luật Doanh nghiệp và điều lệ công ty, Tổng giám đốc không bị hạn chế nào về giá trị các hợp đồng kinh doanh.
Bị cáo còn cho rằng, quy định tại Điều 104, 108 Luật Doanh nghiệp 2005 yêu cầu hợp đồng đầu tư có giá trị trên 50% tổng tài sản mới cần HĐQT, ĐHCĐ quyết định. Hợp đồng ký với Công ty Phú Mỹ có giá trị hơn 10 tỷ đồng trong khi tổng tài sản theo BCTC kỳ gần nhất là hơn 150 tỷ đồng. Do đó, bị cáo ký hợp đồng đúng thẩm quyền.
Cũng theo bị cáo, Luật Doanh nghiệp quy định là 50% tổng tài sản, không phải vốn điều lệ. Hai khái niệm này độc lập với nhau. Vốn điều lệ có thể ít hơn rất nhiều so với tổng tài sản một doanh nghiệp. Với việc đầu tư bất động sản, bị cáo khẳng định đây là tiền chuyển cho Công ty Vĩnh Hiệp để mua café.
HĐXX đã đặt nhiều câu hỏi với các bị cáo và những người liên quan để xác định vốn điều lệ và tổng tài sản có phải là một và thẩm quyền phê chuẩn các hợp đồng đầu tư có giá trị từ 50% tổng tài sản hoặc 50% vốn điều lệ trở lên thuộc về Tổng giám đốc, HĐQT hay ĐHCĐ. Cho rằng vấn đề này không thể làm rõ tại phiên tòa, HĐXX đã trả hồ sơ yêu cầu điều tra bổ sung.
Được biết, theo quy định tố tụng hình sự, phiên tòa xét xử Nguyễn Thăng Long sẽ phải mở lại trong vòng 1 tháng kể từ ngày hoãn phiên tòa.