Theo bản cáo trạng tháng 9/2016, Viện Kiểm sát nhân dân TP. Hà Nội thay đổi quyết định truy tố 5 bị can gồm Lê Hồ Khôi (sinh năm 1961, quận Cầu Giấy, Hà Nội, nguyên Tổng giám đốc TAS), Trịnh Văn Toàn (sinh năm 1969, nguyên Phó tổng giám đốc), Lê Quang Hưng (sinh năm 1980, nhân viên), Nguyễn Thị Ngọc Lan (sinh năm 1978, Kế toán trưởng) và Nguyễn Trí Dũng (sinh năm 1982, nguyên Phó giám đốc giao dịch) sang tội Sử dụng trái phép tài sản, quy định tại Điều 142 Bộ luật Hình sự, thay vì tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản như cáo buộc trước đó.
Lý do là quá trình điều tra bổ sung xác định, các bị cáo đã sử dụng số tiền hơn 205 tỷ đồng chi trả cho những khoản nợ vay ngân hàng và phục vụ hoạt động kinh doanh của Công ty.
Kết quả điều tra bổ sung thể hiện, từ năm 2010, các bị cáo lập khống hồ sơ của 24 khách hàng mở tài khoản tại TAS, dưới hình thức hợp đồng vay vốn các tổ chức tín dụng đầu tư chứng khoán. Sau đó, ký hợp đồng hợp tác dưới hình thức ủy thác đầu tư vay tiền, hợp tác thanh toán tiền mua chứng khoán đã khớp lệnh, ứng trước tiền bán chứng khoán với các tổ chức tín dụng là Công ty Tài chính cổ phần Điện lực (EVN-Finance), Ngân hàng TMCP Nhà Hà Nội (HBB, sau đó sáp nhập vào Ngân hàng TMCP Sài Gòn – Hà Nội, SHB), Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam (BIDV – Chi nhánh Hai Bà Trưng), để sử dụng trái phép số tiền 205 tỷ đồng.
Cụ thể, năm 2010, bị cáo Lê Hồ Khôi ký hợp đồng hợp tác thanh toán tiền mua chứng khoán đã khớp lệnh với EVN-Finance. Qua đó, TAS sẽ giới thiệu khách hàng và chịu trách nhiệm về tính hợp pháp, hợp lệ của hồ sơ cung cấp.
Dưới sự chỉ đạo của cấp trên, bị cáo Nguyễn Ngọc Lan cung cấp tên tuổi, thông tin liên quan, tạo dựng tài khoản của 11 khách hàng (người thân và bạn bè), lập hồ sơ theo mẫu do EVN-Finance cung cấp. Các bị cáo Nguyễn Ngọc Lan và Nguyễn Trí Dũng, Lê Quang Hưng ký trực tiếp vào tài liệu trong hồ sơ.
Để hoàn thiện hồ sơ vay tiền, bị cáo Lan tự tạo mã và số lượng chứng khoán khống phù hợp với khoản vay trong bản báo cáo tổng hợp. Tiếp đó, bị cáo Khôi ký xác nhận vào tài liệu và chuyển đến EVN-Finance.
Sau quá trình thẩm định hồ sơ, cán bộ EVN-Finance đã giải ngân 104,5 tỷ đồng, thời hạn cho vay 180 ngày, lãi suất từ 16,5 – 18,5%/năm.
Toàn bộ số tiền trên, TAS sử dụng để thanh toán bù trừ với Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam (VSD) và trả nợ các tổ chức tín dụng gồm Ngân hàng ACB, Công ty Tài chính cổ phần Sông Đà, Ngân hàng Bảo Việt...
Trong thời gian từ tháng 12/2010 đến 15/9/2012, để khắc phục hậu quả, TAS đã chuyển trả 51 tỷ đồng và thế chấp tài sản gồm ô tô hiệu Chevrolet, Toyota và chuyển nhượng số cổ phiếu (gồm các mã CAD, TLT, TNM, PMT, PSD...) tương đương 30,5 tỷ đồng.
Cùng thời gian trên, các bị cáo còn bị Ngân hàng HBB tố sử dụng trái phép số tiền vay 56 tỷ đồng. Cụ thể, tháng 10/2010, bị cáo Khôi ký hợp đồng hợp tác với Ngân hàng HBB, giới thiệu khách hàng có nhu cầu nhận ủy thác vốn đầu tư theo hình thức cầm cố chứng khoán niêm yết. TAS làm đầu mối liên lạc với Ngân hàng HBB về các giao dịch của khách hàng. Tuy nhiên, các bị can tiếp tục tạo khống hồ sơ của 4 khách hàng sở hữu các cổ phiếu VCG, PVA, CII, DPM, FPT, HPG, DQC, PVD, SJS, SSI, ACB, PPC, GMD, sau đó đem cầm cố số cổ phiếu này.
Thời điểm đó, thị trường chứng khoán giảm mạnh, nên toàn bộ giá trị chứng khoán do 4 khách hàng trên cầm cố không đủ đảm bảo cho khoản tiền nhận tủy thác. Do đó, Ngân hàng HBB yêu cầu TAS thông báo cho khách hàng trả thêm một phần tiền, hoặc cầm cố thêm chứng khoán. Không có tiền trả nợ, các bị cáo Khôi và Toàn đã chỉ đạo Nguyễn Thị Ngọc Lan giả mạo chữ ký của 19 khách hàng thế chấp bổ sung cho Ngân hàng HBB.
Cuối năm 2011, TAS còn ký hợp đồng với BIDV – Chi nhánh Hai Bà Trưng hợp tác cung cấp dịch vụ ứng tiền bán chứng khoán. Tương tự, các bị cáo lập khống hồ sơ của 9 khách hàng để vay 45 tỷ đồng. Xác minh tại VSD cho thấy, 9 khách hàng trên không có hoạt động giao dịch chứng khoán.
Đến nay, các bị can đã khắc phục được số tiền là 154 tỷ đồng, hiện phải có trách nhiệm bồi thường số còn lại là 51,1 tỷ đồng.
Ngày 13/12/2016, vì một số nguyên nhân khách quan, Tòa án nhân dân TP. Hà Nội đã quyết định tạm hoãn phiên xét xử vụ án này.