VSD được thành lập theo Quyết định số 189/2005/QĐ-TTg ngày 27/7/2005 và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 7/7/2006 với tên gọi Trung tâm Lưu ký chứng khoán. Từ tháng 7/2006 đến tháng 6/2009, Trung tâm được tổ chức theo mô hình đơn vị sự nghiệp có thu trực thuộc Ủy ban Chứng khoán Nhà nước - Bộ Tài chính. Bắt đầu từ tháng 7/2009, Trung tâm chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty TNHH một thành viên thuộc sở hữu nhà nước và đổi tên thành Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam theo Quyết định số 171/2008/QĐ- TTg ngày 18/12/2008 của Thủ tướng Chính phủ.
Sau 10 năm hoạt động, số lượng tổ chức đăng ký tại VSD hiện lên đến 1.252 tổ chức, tăng 28 lần; số chứng khoán đăng ký tại VSD là 82 tỷ chứng khoán, tăng 25,7 lần; số chứng khoán lưu ký tại VSD là 49 tỷ chứng khoán, tăng gấp 23 lần so với năm 2006. Số tài khoản lưu ký của nhà đầu tư do VSD quản lý thông tin sở hữu là 1,6 triệu tài khoản.
Là tổ chức duy nhất tại Việt Nam cung cấp các dịch vụ về đăng ký, lưu ký, bù trừ, thanh toán chứng khoán và các dịch vụ khác hỗ trợ việc giao dịch mua, bán chứng khoán, 10 năm qua, VSD luôn hoàn thành nhiệm vụ, đảm bảo thị trường chứng khoán vận hành an toàn, thông suốt, hiệu quả.
