Thiết kế bến xe Yên Sở gồm tòa nhà hình tròn 3 tầng, công suất 1.000 xe mỗi ngày. Trong đó, tầng một là nơi bán vé và cửa hàng cho thuê, tầng hai sẽ kinh doanh đồ ăn nhanh. Ngoài ra, tầng hầm rộng khoảng 5.000 m2 được dùng làm nơi trông giữ xe cho hành khách.
Theo nghị quyết về Quy hoạch bến xe, bãi đỗ xe, trung tâm tiếp vận và trạm dừng nghỉ trên địa bàn thành phố Hà Nội đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050, 4 bến xe lớn nằm trong trung tâm đô thị như bến xe Gia Lâm, Mỹ Đình, Giáp Bát, Nước Ngầm sẽ được tạm thời giữ lại, tiếp tục khai thác trong giai đoạn quá độ thực hiện quy hoạch và chỉ nâng cấp, cải tạo trên cơ sở quy mô hiện có.
Bên cạnh đó, Hà Nội cũng quyết xây dựng bến xe khách Yên Sở với diện tích khoảng 3,4 ha trong giai đoạn quá độ để hỗ trợ các bến xe hiện có.
Về lâu dài, sau khi đầu tư hoàn thành bến xe khách chính phía nam (khu vực Ngọc Hồi - đường Vành đai 4) thì các bến xe khách Yên Sở, Nước Ngầm sẽ được đồng thời chuyển đổi chức năng thành đầu mối trung chuyển vận tải hành khách công cộng kết hợp bãi đỗ xe. Khi đó, các tuyến xe khách liên tỉnh đang khai thác tại 2 bến xe khách này sẽ được điều chuyển về bến xe khách đầu mối tập trung phía nam.
Đáng chú ý, bến xe Yên Sở là dự án có rất nhiều quan điểm khác nhau, ngay cả Bộ GTVT cũng có ý kiến không đồng thuận.
Ông Nguyễn Nguyên Quân, Trưởng ban Đô thị (HĐND TP.Hà Nội), cho rằng dù còn nhiều ý kiến khác nhau nhưng quan trọng là bến xe này phù hợp với quy hoạch.
"Khi chưa có bến xe mới ở khu vực Ngọc Hồi thì bến Yên Sở vẫn phát huy được vai trò trong giao thông vận tải của thành phố", ông Quân nói thêm.
Sở GTVT Hà Nội cũng nhiều lần quyết tâm bảo vệ bến xe này khi cho rằng, lưu lượng các tuyến vận tải hành khách liên tỉnh từ các tỉnh phía nam đi và đến Hà Nội đang ngày càng gia tăng, các bến xe Giáp Bát, Nước Ngầm đang chịu áp lực ngày càng cao thì rất cần có thêm bến xe để đáp ứng.
Ngoài ra, Sở Giao thông - Vận tải cũng cho rằng, đây sẽ là bến xe khách hiện đại nhất cả nước; khép kín từ khu vực đón, trả khách, xe xếp chỗ cho đến bán vé. Hầu hết các công đoạn tại bến xe được tự động hóa như kiểm soát xe ra, hiển thị thông tin về chuyến xe, giờ xuất bến...
Trước đó, góp ý về đồ án quy hoạch bến xe, bãi đỗ xe và trạm dừng nghỉ trên địa bàn Hà Nội đến năm 2030, Bộ GTVT cho rằng, Hà Nội không nên xây dựng mới các bến xe liên tỉnh có tính chất sử dụng không lâu dài, chỉ khai thác trong thời gian quá độ để tránh lãng phí vốn đầu tư và ảnh hưởng đến quỹ đất của thành phố.
Còn theo Hiệp hội Vận tải ô tô Việt Nam, trong phạm vi các quận nội thành Hà Nội, nếu xây dựng một bến xe hỗn hợp như Yên Sở sẽ không đảm bảo trật tự, dễ dẫn đến tai nạn giao thông. Hơn nữa, tại khu vực phía nam Hà Nội chưa có bến xe tải nào, vì vậy, bến xe Yên Sở chỉ nên quy hoạch xây dựng bến xe tải.
Trong dài hạn, Hà Nội cũng sẽ quy hoạch mới 7 bến xe khách liên tỉnh phục vụ đô thị trung tâm, gồm: bến xe khách phía bắc 10 ha, bến xe khách Đông Anh 5,3 ha, bến xe khách phía đông bắc (bến xe Cổ Bi) 10,4 ha, bến xe khách phía nam 10 ha, bến xe khách Yên Nghĩa 7 ha, bến xe khách phía tây 5 ha và bến xe khách phía tây bắc (Phùng) 15 ha.
Tại các đô thị vệ tinh, quy hoạch bến xe khách theo định hướng quy hoạch chung các đô thị vệ tinh đã được phê duyệt; còn các thị trấn huyện lỵ, thị trấn sinh thái sẽ bố trí các bến xe khách quy mô từ 1 - 5 ha đáp ứng nhu cầu sử dụng của người dân.
