Chính vì vậy, Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư (KHĐT) và Bộ Công an phải xây dựng văn bản thay thế và hạn cuối cùng là đầu quý II/2008, việc thành lập DN tại "một cửa" phải được thực hiện. Thế nhưng, đến thời điểm này, 3 bộ trên mới ban hành được văn bản thay thế hướng dẫn cụ thể về hồ sơ, trình tự và cơ chế phối hợp giữa các cơ quan giải quyết các thủ tục hành chính về đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế và đăng ký con dấu đối với DN, chi nhánh, văn phòng đại diện.
Theo hướng dẫn này, cơ quan đăng ký kinh doanh chỉ chịu trách nhiệm về tính hợp lệ của hồ sơ theo Luật Doanh nghiệp, còn người thành lập DN và các thành viên (nếu có) phải tự chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực, hợp pháp của nội dung hồ sơ đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế. Sở KHĐT được giao làm cơ quan đầu mối tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả giải quyết các thủ tục hành chính. Trong quá trình thụ lý hồ sơ đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế, nếu người nộp hồ sơ là cá nhân đăng ký thành lập DN tư nhân đã phát sinh nghĩa vụ nộp thuế, có yêu cầu được cấp mã số thuế để thực hiện nghĩa vụ nộp thuế nhưng hồ sơ chưa đủ điều kiện để cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế thì cơ quan đăng ký kinh doanh chuyển bản sao giấy đề nghị đăng ký kinh doanh, bản kê khai thông tin đăng ký thuế sang cơ quan thuế ngay trong ngày để cơ quan thuế cấp thông báo mã số thuế tạm thời cho người nộp thuế. Sau khi hoàn chỉnh hồ sơ đề nghị cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế thì mã số thuế ghi trên thông báo mã số thuế sẽ được sử dụng làm mã số DN của DN tư nhân.
Cũng theo hướng dẫn này, DN có thể gửi hồ sơ tới cơ quan đăng ký kinh doanh qua mạng điện tử và cũng sẽ nhận được phản hồi của cơ quan đăng ký kinh doanh qua mạng điện tử về nội dung cần sửa đổi, bổ sung hồ sơ (nếu có) hoặc thời điểm đến nhận giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế. Trong thời hạn tối đa 5 ngày làm việc, sở KHĐT phải cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế cho DN, giấy chứng nhận đăng ký hoạt động và đăng ký thuế chi nhánh, văn phòng đại diện. Đối với việc khắc dấu, theo quy định, trong thời hạn 2 ngày làm việc kể từ khi nhận được con dấu do cơ sở khắc dấu chuyển đến, cơ quan công an có trách nhiệm trả con dấu và giấy chứng nhận đăng ký mẫu dấu cho DN. Đối với những tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có số lượng hồ sơ DN đăng ký thành lập mới trung bình từ 50 hồ sơ/tháng trở lên, thời hạn giải quyết hồ sơ tại cơ quan đăng ký kinh doanh và cơ quan thuế do UBND cấp tỉnh quy định cụ thể, nhưng phải đảm bảo thời gian trả kết quả cho DN tối đa là 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế hợp lệ.
Để bảo đảm việc cải cách thủ tục hành chính trong lĩnh vực quản lý DN, quy định mới yêu cầu, UBND cấp tỉnh phải khẩn trương ban hành quy chế để thực hiện cơ chế liên thông áp dụng tại địa phương và chỉ đạo các sở, ban, ngành nâng cấp cơ sở vật chất, bổ sung nhân sự để triển khai thực hiện tốt cơ chế liên thông; chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện cơ chế phối hợp giữa các cơ quan giải quyết đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế và đăng ký dấu tại địa phương để giảm tối đa thời gian giải quyết các thủ tục hành chính.
Việc cải cách thủ tục thành lập DN kể trên được nhiều chuyên gia của Tập đoàn Tài chính quốc tế (IFC) đánh giá khá cao, bởi mô hình "một cửa" đang được áp dụng nhiều nước trên thế giới. "Mô hình này không chỉ rút ngắn thời gian thành lập DN, giảm chi phí tuân thủ pháp luật của DN, mà còn giảm được tiêu cực, tham nhũng do thủ tục phiền hà tạo ra trong việc thành lập DN", ông Richard Stern, chuyên gia kinh tế của IFC cho biết.
Đánh giá về chi phí mà DN phải bỏ ra để thành lập và tuân thủ pháp luật thuế hiện hành của Việt Nam, ông Richard Stern cho rằng, mặc dù Chính phủ Việt Nam rất quan tâm tới việc cải cách thủ tục hành chính, nhưng so với các nước trong khu vực, DN Việt Nam vẫn phải bỏ ra một khoản chi phí rất cao.
Quy trình quản lý DN này có thể nói là khá tiến bộ, đáp ứng được đòi hỏi của chương trình cải cách thủ tục hành chính, trong đó cải cách thủ tục hành chính thuế, cải cách thủ tục thành lập DN được coi là trọng tâm, nhưng việc có thực hiện được đúng tinh thần đó hay không, theo một thành viên Uỷ ban Thường vụ Quốc hội thì vấn đề quan trọng nhất vẫn là ý thức trách nhiệm của công chức nhà nước. "Dù quy phạm pháp luật có thông thoáng đến đâu, nhưng nếu ý thức của công chức nhà nước vẫn chưa thay đổi kịp thời thì công cuộc cải cách hành chính cũng giảm hiệu quả", ông này phát biểu.
