Cụ thể, theo Thanh tra Chính phủ, tại Tổng công ty 319 có khoản trích nộp doanh thu về Bộ Quốc phòng hàng năm theo Chỉ thị số 47/2002/CT-BQP về “khảo sát rà tìm xử lý bom mìn vật nổ đảm bảo phát triển nhiệm vụ kinh tế quốc phòng với tỷ lệ 7% doanh thu các công trình".
Năm 2011, Tổng công ty đã trích hơn 22,7 tỷ đồng, hạch toán lợi nhuận trước thuế.
Năm 2012, trích 28,8 tỷ đồng, hạch toán lợi nhuận sau thuế.
Năm 2013, trích 31 tỷ đồng, hạch toán lợi nhuận sau thuế.
Năm 2014, trích 28,9 tỷ đồng hạch toán lợi nhuận sau thuế.
Tuy nhiên, trong năm 2012, Tổng công ty 319 hạch toán khoản tiền này vào chi phí hợp lý xác định thu nhập chịu thuế không đúng hướng dẫn quy định tại Thông tư 123/2012/TT-BTC.
Do đó, Thanh tra Chính phủ đề nghị điều chỉnh giảm chi phí để xác định thu nhập chịu thuế. Tổng công ty 319 phải nộp thêm hơn 7,2 tỷ đồng thuế thu nhập doanh nghiệp. Tổng công ty cũng phải nộp thêm tiền chậm nộp hơn 2,6 tỷ đồng.
Cũng theo Thanh tra Chính phủ, tại một số dự án, việc kê khai doanh thu, kê khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động xây lắp còn chậm so với quy định. Tiền chậm nộp thuế theo quy định tại Thông tư số 166/2013/TT-BTC với tỷ lệ 0,05% mỗi ngày chậm nộp.
Tại Công ty 319.1, đơn vị nhận thầu của Tổng công ty 319, Bộ Tài chính đã hướng dẫn hạch toán của các đơn vị quân đội xây dựng đường tuần tra biên giới trên đất liền nộp mức thu theo quy định tại Công văn số 1473/TTg-NC về hình thành nguồn được quản lý tập trung tại Bộ Quốc phòng để đảm bảo việc mua sắm trang bị công binh theo kế hoạch. Theo đó, nếu có đủ hóa đơn chứng từ thì các đơn vị này được hạch toán vào chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp.
Thực tế, Bộ Quốc phòng đã khấu trừ tại nguồn số tiền tương ứng với tỷ lệ 5% trên số tiền chuyển cho các công ty trúng thầu, vì vậy công ty này không thể có hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị thu hồi về ngân sách nhà nước số tiền hơn 10 tỷ đồng. Tổng công ty 319 đã nộp đủ số tiền thuế về ngân sách nhà nước.
Theo giới thiệu, Tổng công ty 319 có 7 công ty TNHH một thành viên, 6 công ty cổ phần do Tổng công ty nắm cổ phần chi phối, 9 xí nghiệp, chi nhánh thành viên, 7 ban quản lý dự án thực hiện chức năng đại diện chủ đầu tư, 5 ban điều hành xây lắp, 3 công ty liên kết với 38 ngành nghề sản xuất, kinh doanh. Địa bàn hoạt động khắp các tỉnh, thành trong cả nước.
