Căn cứ vào cách tiếp cận hệ thống, để khắc phục những nhược điểm hiện hữu, thiết kế được bộ máy và tuyển chọn được đội ngũ công chức, viên chức có chất lượng, cần tiến hành đồng thời 4 vấn đề chủ yếu:
1. Thiết kế bộ máy nhà nước
Từ việc khảo sát thực trạng bộ máy nhà nước hiện hữu, bao gồm cả bộ máy của Đảng, của Quốc hội và HĐND các cấp, của Chính phủ và UBND tỉnh, thành phố, huyện, quận, phường và xã, của Mặt trân Tổ quốc và các đoàn thể, tổ chức xã hội, của các đơn vị sự nghiệp và dịch vụ công, phát hiện đầy đủ nhược điểm của cả bộ máy, cũng như từng cấu thành của bộ máy, tìm đúng nguyên nhân của thực trạng để thiết kế lại bộ máy và cấu trúc mới khả dĩ khắc phục được nhược điểm hiện có và đáp ứng được đòi hỏi của đất nước ở trình độ cao hơn của nền kinh tế thị trường trong nước, hội nhập sâu rộng hơn với khu vực và thế giới.
Việc thiết kế bộ máy nhà nước phải tận dụng đến mức cao nhất công nghệ thông tin, thực hiện rộng khắp từ Trung ương đến địa phương “chính phủ điện tử” để không những khắc phục tình trạng phiền hà, nhũng nhiễu, thiếu minh bạch hiện nay, mà còn hình thành bộ máy gọn nhẹ, mỗi người có thể làm nhiều việc, bớt giấy tờ, họp hành.
Đó là công việc khá phức tạp, đòi hỏi tập hợp chuyên gia ở nhiều lĩnh vực, tổ chức nghiên cứu, thông qua các cuộc trao đổi khoa học để lấy ý kiến của nhiều người có quan điểm khác nhau để thiết kế một số phương án trình lên các cơ quan có thẩm quyền lựa chọn phương án tối ưu, hoặc những cấu phần tối ưu trong các phương án, trên cơ sở đó ra quyết định về bộ máy nhà nước mới.
2. Thiết kế cấu trúc bộ phận
Khi đã thiết kế được bộ máy nhà nước thì cần coi trọng thiết kế cấu trúc từng bộ phận, bởi việc vận hành của bộ máy tùy thuộc vào hoạt động của từng bộ phận. Chính phủ gồm nhiều bộ và cơ quan ngang bộ, do vậy cấu trúc bộ máy của từng bộ phải được định hình chuẩn mực để không tùy tiện thay đổi. Chính phủ có quan hệ dọc với UBND các cấp, do vậy cấu trúc bộ máy từng cấp cần được quy định tương ứng với điều kiện kinh tế - xã hội của địa phương, bộ máy của những đô thị lớn như Hà Nội và TP.HCM cần có cấu trúc thích hợp với đặc thù của siêu đô thị; không nhất thiết cấu trúc của bộ máy Trung ương được thiết lập ở các tỉnh, thành phố, mà có cơ quan được thành lập theo giới hạn địa lý hành chính, cũng có cơ quan theo vùng kinh tế.
Khi đã thiết kế được cấu trúc bộ phận, để khắc phục tình trạng tùy tiện, khi thay đổi người đứng đầu bộ phận thì cần xây dựng quy chế hoạt động của từng cơ quan, trong đó quy định rõ chức năng, nhiệm vụ của từng vị trí công việc, việc được làm trong thẩm quyền và việc không được làm để bộ máy vận hành có hiệu năng.
3. Thiết kế biên chế
Trên cơ sở cấu trúc của từng bộ, cơ quan nhà nước thực hiện quy định biên chế cố định cho từng bộ phận theo hướng một trưởng, vài ba cấp phó và chuyên viên. Thống nhất các chức danh trong cơ quan nhà nước, ví dụ mỗi bộ có 3 - 4 thứ trưởng, có hay không có chức danh thứ trưởng thường trực, chức danh “trợ lý bộ trưởng”, để chuẩn hóa mọi chức danh của từng cấp. Việc hình thành chức danh mà không đảm nhiệm chức vụ tương ứng như “hàm vụ trưởng”, “hàm vụ phó”... cũng cần được quy định thống nhất với những điều kiện bảo đảm.
Công chức, viên chức nhà nước hàng ngày tiếp xúc với doanh nghiệp, người dân nên cần có bộ quy tắc ứng xử để bảo đảm có thái độ lịch thiệp, tiếp nhận và xử lý công việc theo đúng chức năng, thẩm quyền, chịu trách nhiệm về công việc và hành vi của mình.
4. Chế độ tiền lương
Không thể xử lý bộ máy và con người nếu không quan tâm đến thu nhập, đời sống của công chức, viên chức.
Do đất nước ngày càng phát triển, doanh nghiệp ngày càng nhiều, số người làm việc trong các doanh nghiệp được hưởng thu nhập tăng dần, có nhiều cán bộ quản lý, chuyên viên cao cấp đã nhận lương hàng tháng rất cao. Đó là điều đáng khuyến khích. Tuy vậy, đã phát sinh nghịch lý là khoảng cách về thu nhập giữa người lao động trong các doanh nghiệp (kể cả doanh nghiệp nhà nước) với công chức, viên chức ngày càng doãng ra đến mức quá bất công. Một vụ trưởng tiền lương hàng tháng 8-9 triệu đồng, khi được bổ nhiệm làm Chủ tịch Hội đồng Quản trị, hoặc Tổng giám đốc Tổng công ty quốc doanh thì lập tức thu nhập hàng tháng đến cả trăm triệu đồng, có lẽ là bất công. Ở nước ta hiện nay, có những vị đứng đầu ngân hàngngoài quốc doanh lương mỗi tháng ba, bốn trăm triệu đồng, trong khi bộ trưởng chỉ 15 - 16 triệu đồng.
Những ví dụ trên đây không nhằm vào việc cào bằng thu nhập, mà chỉ muốn nêu lên đòi hỏi phải cải cách tiền lương đi đôi với tinh giản biên chế để thu hút người tài vào bộ máy nhà nước, vì họ được bảo đảm thu nhập tương ứng với sự cống hiến của họ.
Nước ta không thể và không có điều kiện bắt chước Singapore về chính sách tiền lương của công chức nhà nước, được hình thành trong quan hệ đồng cấp với thu nhập của nhân viên các doanh nghiệp, do đó đã chọn được nhân tài và giảm thiểu được tình trạng sách nhiễu, tham nhũng của bộ máy nhà nước. Tuy vậy, có thể dần hình thành chính sách tiền lương hợp lý và có tác động tích cực hơn.
Để thực hiện được những nội dung công việc nêu ra trên đây, Chính phủ có thể tổ chức đấu thầu công khai “Dự án cải cách bộ máy nhà nước và tinh giản biên chế”; viện nghiên cứu khoa học, trường đại học, tổ chức xã hội, nhóm chuyên gia đăng ký thực hiện thông qua hội đồng tuyển chọn gồm những chuyên gia giỏi; quy định rõ thời gian hoàn thành phương án. Hội đồng tuyển chọn tham khảo ý kiến rộng rãi thông qua các cuộc tham vấn để chọn được phương án tối ưu, trình cấp có thẩm quyền quyết định.