Cơ quan điều tra giữ nguyên quan điểm đề nghị truy tố ông Hùng và 15 người khác giống tài liệu ban hành trước đó.
Ngoài ra, kết luận điều tra bổ sung đề nghị truy tố thêm 3 bị can bị khởi tố hôm 27/5 gồm ông Hồ Văn Ngon (cựu Phó tổng giám đốc Sagri) tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí; ông Dư Huy Quang (Trưởng phòng thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường TP.HCM) tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng và bà Lê Thị Diệp Cẩm (Phó phòng thuộc Sagri) tội Che giấu tội phạm.
Kết luận điều tra xác định năm 2016, ông Lê Tấn Hùng lợi dụng chức vụ Tổng giám đốc Sagri, chỉ đạo cấp dưới ký 10 hợp đồng với Công ty TNHH Thương mại dịch vụ Lữ hành Hòa Bình Quốc tế và CTCP Du lịch Thanh niên để chi hơn 13 tỷ đồng cho hàng chục cán bộ, người lao động đi nước ngoài học tập kinh nghiệm ở 16 nước. Hành vi này đã phạm vào tội Tham ô tài sản.
Bên cạnh đó, ông Hùng biết việc chuyển nhượng dự án nhà ở tại phường Phước Long B (quận 9, TP.HCM) phải thẩm định giá, xác định giá trị chuyển nhượng theo giá thị trường và các quy định pháp luật khác có liên quan. Dự án này mới xây dựng được 80% công trình, chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính với Nhà nước và chưa đủ điều kiện để chuyển nhượng... nhưng ông Hùng vẫn chỉ đạo cấp dưới hoàn thiện thủ tục, đề nghị UBND TP.HCM chấp thuận để chuyển nhượng toàn bộ cho Tổng Công ty Phong Phú với số tiền là 168 tỷ đồng.
Việc này đã gây thiệt hại cho Nhà nước 348 tỷ đồng tại thời điểm chuyển nhượng dự án và 672 tỷ đồng tại thời điểm khởi tố vụ án.
Đối với cựu Phó chủ tịch UBND TP.HCM Trần Vĩnh Tuyến, cơ quan điều tra đánh giá bị can có sai phạm khi chấp thuận việc chuyển nhượng dự án khu dân cư tại phường Phước Long B (do Sagri làm chủ đầu tư) cho Tổng công ty Phong Phú.
Hành vi của ông Tuyến tạo điều kiện để Lê Tấn Hùng và đồng phạm chuyển nhượng dự án trái quy định, gây thiệt hại hơn 672 tỷ đồng.
Trong vụ án, cơ quan điều tra nhận định ông Lê Tấn Hùng là người chủ mưu, chỉ đạo điều hành và là người thực hiện tội phạm, gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền đặc biệt lớn. Bị can chưa thành khẩn khai báo về động cơ vụ lợi của bản thân.