Điểm đáng chú ý trong dự thảo sửa đổi Luật là lần đầu tiên Bộ Tài chính đề xuất trao thẩm quyền điều tra hình sự cho cơ quan thuế, nhằm đấu tranh có hiệu quả với vấn nạn gian lận, trốn thuế. Theo đó, khi thực hiện nhiệm vụ mà phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, chiếm đoạt tiền thuế đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, thì cơ quan thuế được thực hiện điều tra hình sự về thuế. Nguyên tắc, trình tự, thủ tục điều tra được thực hiện theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.
Cũng theo phương án đề xuất của Bộ Tài chính, phạm vi điều tra là các hồ sơ nghi vấn trốn thuế có tính chất liên hoàn, thông đồng (gồm cả tham nhũng). Thẩm quyền điều tra là được khám xét không báo trước cho người nộp thuế và được xét, hỏi, lấy lời khai của người nộp thuế và các đối tượng liên quan...
