Kết luận thanh tra nêu giai đoạn 2012 đến 2014, kinh tế Việt Nam gặp nhiều khó khăn, nợ công tăng cao, doanh nghiệp sản xuất đình trệ, Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế, Cục Thuế Hà Nội đã có nhiều cố gắng trong công tác thanh tra, kiểm tra, chống thất thu ngân sách. Nhờ đó, công tác quản lý nợ thuế đạt được kết quả đáng kể.
Trong công tác thu thuế, các năm đều vượt mức kế hoạch đề ra. Trong công tác thanh tra, năm 2012 – 2013 đã kiểm tra hơn 123.000 doanh nghiệp, truy thu, truy hoàn và phạt hơn 26.000 tỷ đồng, giảm khấu trừ 2.084 tỷ đồng…
Tuy nhiên, vẫn còn tồn tại thiếu sót, khuyết điểm trong công tác xây dựng kế hoạch thanh tra và thực hiện xử lý sau thanh tra. Toàn ngành thuế trong các năm đều không hoàn thành kế hoạch thanh tra, kiểm tra được phê duyệt, có năm đạt tỷ lệ rất thấp.
Năm 2012, Thanh tra Tổng cục thuế chỉ đạt 29% kế hoạch, Cục thuế Hà Nội thực hiện đạt 63% kế hoạch. Việc giám sát thực hiện kết luận thanh tra, truy thu, phạt vi phạm chưa thường xuyên dẫn đến kết quả xử lý sau thanh tra rất thấp.
