Cùng với thành lập Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn, theo ông Phạm Duy Khương, Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, Bộ Tài chính đã ban hành Quyết định 856/QĐ-BTC về công bố danh sách DN thuộc diện Tổng cục Thuế trực tiếp tổ chức công tác quản lý thuế. Theo đó có 35 tập đoàn, tổng công ty với 425 chi nhánh thuộc diện Tổng cục Thuế quản lý thuế, trong đó ngoài các tập đoàn, tổng công ty nhà nước như: Tập đoàn Dầu khí quốc gia VN (PVN), Tổng công ty Xăng dầu Việt Nam (Petrolimex), Tập đoàn Viễn thông quân đội Viettel…, còn có nhiều "đại gia" là đại diện các DN cổ phần, DN có vốn đầu tư nước ngoài như: Toyota Việt Nam, Honda Việt Nam, Ngân hàng TMCP Á châu, Tập đoàn Bảo Việt… Với vai trò là các DN chủ lực của nền kinh tế, đóng góp lớn cho ngân sách quốc gia, nên việc có cơ chế quản lý thuế đặc thù đối với các DN lớn, theo ông Khương, là để cơ quan thuế hỗ trợ các DN này tích cực, hiệu quả hơn, qua đó ngày càng đóng góp nhiều hơn cho ngân sách.
Cái lý của cơ quan chức năng là vậy, nhưng tại Hội nghị Bộ Tài chính đối thoại với các DN lớn về chính sách thuế, do Bộ này tổ chức ngày 19/6, tại Hà Nội, các DN đã bày tỏ không ít mối lo. Bà Đàm Thị Huyền, Phó tổng giám đốc Petrolimex chia sẻ, với địa bàn kinh doanh trải rộng trên khắp 63 tỉnh, thành, nên tại mỗi địa phương có đặc thù kinh doanh nhất định. Thậm chí, cùng một vướng mắc về thuế xảy ra ở các địa phương khác nhau, nhưng Cục thuế mỗi địa phương lại có cách xử lý khác nhau. Điều này đã khiến DN gặp không ít khó khăn trong hoạt động. Nay Petrolimex thuộc diện Tổng cục Thuế trực tiếp quản lý thuế, nếu cơ quan thuế các cấp không có cơ chế phối hợp rõ ràng, nhịp nhàng với nhau, thì dễ khiến DN đối mặt với những phức tạp mới phát sinh trong quá trình đăng ký, kê khai, quyết toán thuế…
Cùng mối lo trên, đại diện Tập đoàn Viễn thông quân đội Viettel, ông Vũ Xuân Cự cho biết: hoạt động quản lý, nhất là công tác thanh tra, kiểm tra của các cơ quan thuế thời gian qua đã bộc lộ không ít bất cập, khiến DN tốn khá nhiều công sức, thời gian trong quá trình chấp hành các quy định về thuế. Bởi vậy, cùng với làm rõ cơ chế phối hợp giữa Tổng cục Thuế với Cục thuế các tỉnh trong quản lý thuế của các DN lớn, cơ quan thuế cần công bố cho DN nắm rõ kế hoạch tranh tra, kiểm tra định kỳ, để tránh phiền hà cho DN…
Ngay cả khi có một cơ chế phối hợp rõ ràng giữa Tổng cục Thuế với Cục thuế các tỉnh, thì còn một vấn đề khá tế nhị khiến DN lo lắng. Đó là lâu nay họ kê khai, nộp thuế tại các tỉnh, thành phố, nên ít nhiều có đóng góp cho ngân sách địa phương, nay thực hiện cơ chế quản lý thuế mới, nhiều khả năng DN sẽ ít "giao dịch" với cơ quan thuế địa phương hơn, do đó có nguy cơ DN sẽ bị địa phương gây khó dễ trong quá trình sản xuất, kinh doanh. Đó là chưa kể, lâu nay DN đã quen giao dịch "một cửa" tại địa phương, nay lại phải qua thêm "một cửa" nữa là Tổng cục Thuế, khiến DN tốn thêm thời gian, công sức trong quá trình chấp hành nghĩa vụ thuế…
Trước lo lắng của DN, ông Nguyễn Trọng Quang, Phó vụ trưởng Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn, trấn an: Tổng cục Thuế sẽ triển khai quy định trực tiếp quản lý thuế đối với 35 tập đoàn, tổng công ty theo hướng đảm bảo giảm thiểu những rắc rối có thể phát sinh cho DN. Trước mắt, các DN này tiếp tục thực hiện đăng ký, kê khai, nộp và quyết toán thuế trực tiếp với Cục Thuế các tỉnh, thành phố. Tổng cục Thuế sẽ nghiên cứu kỹ lưỡng trước khi ban hành hướng dẫn về Quy chế phối hợp công tác giữa Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn với Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong việc chỉ đạo và quản lý thuế đối với các DN thuộc Danh sách ban hành kèm theo Quyết định 856/QĐ-BTC, đảm bảo thuận lợi cho DN, tránh chồng chéo.
Theo ông Đỗ Hoàng Anh Tuấn, Thứ trưởng Bộ Tài chính kiêm Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, ngoài mục tiêu giúp hoạt động quản lý, thu ngân sách tốt hơn, thì một mục tiêu lớn khi Bộ Tài chính quyết định thành lập Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn, là nhằm hỗ trợ hiệu quả hơn cho các DN lớn trong chấp hành nghĩa vụ thuế. Ý tưởng này được đưa ra dựa trên thực tế, DN lớn có đóng góp quan trọng cho ngân sách nhà nước, lại hoạt động đa ngành, đa lĩnh vực, nên cần có cơ chế quản lý thuế đặc thù, nhằm hỗ trợ họ sản xuất, kinh doanh hiệu quả hơn.