Theo ông Nguyễn Hữu Nghĩa, Phó Giám đốc Sở Tài nguyên – Môi trường Hà Nội, qua quá trình làm việc với Cục Cảnh sát kinh tế - Bộ Công an, cơ quan quản lý nhà nước này được Cục Cảnh sát Kinh tế cung cấp một số tài liệu, văn bản cho thấy việc góp vốn bằng tài sản gắn liền với đất thuê tại số 80 Lý Thường Kiệt và số 22 Phan Bội Châu của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam với đối tác để thành lập Công ty TNHH Khách sạn Thương mại Sài Gòn chưa đúng với yêu cầu và chỉ đạo của Bộ GTVT (tại thời điểm), cần phải được kiểm tra, xem xét lại. Sở Tài nguyên và môi trường đã có văn bản báo cáo UBND TP. Hà Nội.
Vì vậy, Sở Tài nguyên và môi trường thông báo tạm dừng mọi giao dịch có liên quan đến giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với lô đất số BS762611 cấp cho Công ty TNHH Khách sạn Thương mại Sài Gòn cho đến khi có kết luận của cơ quan điều tra.
Được biết, thông báo này được gửi tới Văn phòng Đăng ký đất đai Hà Nội, Sở Tư pháp (để thông báo cho các cơ quan công chứng); Ngân hàng Nhà nước TP. Hà Nội (để thông báo cho các tổ chức tín dụng); Bộ GTVT; Cục Cảnh sát kinh tế và 2 cổ đông trong Công ty TNHH Khách sạn Thương mại Sài Gòn.
Trước đó, vào đầu tháng 9/2014, UBND Tp. Hà Nội đã có quyết định số 4823/QĐ – UBND về việc thu hồi 1.005 m2 đất tại số 80, Lý Thường Kiệt (774 m2) và số 22, phố Phan Bội Châu (261 m2), phường Cửa Nam, quận Hoàn Kiếm hiện do Tổng công ty Đường sắt Việt Nam quản lý, sử dụng; cho Công ty TNHH Khách sạn Thương mại Sài Gòn (doanh nghiệp được thành lập khi Tổng công ty Đường sắt Việt Nam góp vốn bằng tài sản gắn liền đất thuê tại số 80, Lý Thường Kiệt và số 22, Phan Bội Châu, quận Hoàn Kiếm) thuê để sử dụng cùng công trình đã xây dựng làm cơ sở kinh doanh.
Thừa ủy quyền UBND TP. Hà Nội, Sở Tài nguyên và môi trường Hà Nội đã cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khách gắn liền với lô đất số BS762611 ngày 13/2/2015 cho Công ty TNHH Khách sạn Thương mại Sài Gòn.
Cần phải nói thêm rằng, Công ty TNHH Khách sạn Thương mại Sài Gòn hoạt động từ tháng 7/2013. Doanh nghiệp này có số vốn điều lệ 60 tỷ đồng, VNR giữ 50% vốn điều lệ bằng việc góp giá trị tài sản trên đất, trang thiết bị và quyền sử dụng lô đất 1.005 m2 tại số 80 - Lý Thường Kiệt (744 m2) và số 22 - Phan Bội Châu (261 m2), phường Cửa Nam, quận Hoàn Kiếm, TP. Hà Nội; đối tác của Tổng công ty góp bằng tiền mặt là 30 tỷ đồng, chiếm 50% vốn điều lệ để đầu tư một khách sạn 5 sao trên nền khách sạn cũ với tổng mức đầu tư 180 tỷ đồng.