Sửa Luật Thuế giá trị gia tăng để gỡ "điểm nghẽn" hoàn thuế cho doanh nghiệp

Sáng 8/12, tiếp chương trình Kỳ họp thứ 10, Quốc hội nghe Tờ trình và Báo cáo thẩm tra dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT).

Trình bày Tờ trình, Bộ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Văn Thắng cho biết, Chính phủ đề xuất sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng để góp phần khắc phục hậu quả bão lũ, sớm khôi phục hoạt động sản xuất kinh doanh, đặc biệt là trong lĩnh vực nông nghiệp, tháo gỡ “điểm nghẽn” trong hoàn thuế GTGT.

Trước đó, ngày 26/11/2024, Quốc hội đã ban hành Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2025.

Tuy nhiên, Tờ trình của Chính phủ cho biết, qua triển khai thực hiện, các hiệp hội và doanh nghiệp đã phản ánh vướng mắc về chính sách thuế GTGT đối với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi và điều kiện hoàn thuế.

Cụ thể, doanh nghiệp phải trả thuế GTGT 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại. Số thuế GTGT thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê…) dẫn đến lãng phí thời gian và đọng vốn của doanh nghiệp, trong khi các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh.

Bên cạnh đó, quy định pháp luật hiện hành đã dẫn đến có sự phân biệt đối xử giữa nông sản, thủy sản sản xuất trong nước và nông sản, thủy sản nhập khẩu do nông sản, thủy sản nhập khẩu không chịu thuế GTGT khi nhập khẩu vào Việt Nam.

Do thức ăn chăn nuôi thuộc đối tượng không chịu thuế nên không được khấu trừ, không được hoàn thuế GTGT đầu vào, vì vậy dẫn đến doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi bị tăng chi phí, tăng giá bán, qua đó sẽ ảnh hưởng đến người chăn nuôi.

Theo quy định hiện hành, người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế nên đã dẫn đến thực tế là các doanh nghiệp khi xuất khẩu được hoàn thuế GTGT đầu vào, nhưng lại bị chậm do phải chờ xác định người bán hàng cho mình đã kê khai, nộp thuế, gây khó khăn và rủi ro cho doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế vì doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế không có công cụ pháp lý hay kỹ thuật để kiểm tra tình trạng tuân thủ thuế của người bán tại thời điểm lập hồ sơ hoàn thuế.

"Quy định này cũng đã có một số tổ chức, cá nhân phản ánh là chưa phù hợp với nghĩa vụ chịu trách nhiệm của từng chủ thể, do người mua và người bán là các chủ thể khác nhau và phải chịu trách nhiệm riêng rẽ, độc lập với nhau", Tờ trình nêu.

Từ đó, Chính phủ đề xuất Quốc hội sửa đổi, bổ sung Luật Thuế GTGT ngay tại kỳ họp thứ 10 Quốc hội khóa XV, hiệu lực thi hành của Luật từ ngày 01/01/2026 để bảm bảo tính kịp thời của chính sách và hỗ trợ ngay cho lĩnh vực nông nghiệp.

Cụ thể, dự thảo Luật sửa đổi ba nội dung chính.

Thứ nhất, đưa lại nội dung đã được quy định từ năm 2014 về việc doanh nghiệp hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã không phải tính thuế GTGT nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác.

Theo Chính phủ, quy định này đã được thực hiện ổn định nhiều năm, không vi phạm nguyên tắc của thuế GTGT, không làm ảnh hưởng đến số thu ngân sách nhà nước, góp phần làm giảm bớt gánh nặng về thủ tục hành chính cho doanh nghiệp.

Thứ hai, dự thảo lược bỏ nội dung sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi, dược liệu thì áp dụng thuế suất GTGT theo mức thuế suất quy định cho sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản đang quy định tại khoản 5 điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng hiện hành.

Việc này để đảm bảo việc áp dụng thuế GTGT đồng bộ theo quy định của pháp luật về thức ăn chăn nuôi, bảo đảm bình đẳng với thức ăn chăn nuôi nhập khẩu do thức ăn chăn nuôi nhập khẩu không chịu thuế, còn thức ăn chăn nuôi sản xuất trong nước có thuế GTGT đầu vào 5% nên phải tính vào chi phí làm tăng giá bán.

"Quy định này sẽ tháo gỡ khó khăn cho sản xuất nông nghiệp, nhất là trong bối cảnh ngành nông nghiệp bị ảnh hưởng nhiều từ hệ quả của thiên tai, mưa lũ kéo dài", Bộ trưởng Bộ Tài chính nói.

Thứ ba, dự thảo lược bỏ quy định về điều kiện hoàn thuế: Người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai nộp thuế tại điểm c, khoản 9, điều 15, Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024. Khi sửa luật vào năm 2024, quy định này được xác định là một trong những giải pháp về quản lý thuế nhằm phòng chống gian lận trong hoàn thuế trong khi chưa sửa đổi các quy định về quản lý thuế.

Hiện nay, dự thảo Luật quản lý thuế sửa đổi đang trình Quốc hội thông qua tại kỳ họp này đã bổ sung các quy định nhằm quản lý thuế chặt chẽ hơn đối với người nộp thuế để đảm bảo thu đúng, thu đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước và quản lý chặt chẽ hơn trong hoàn thuế cũng như là công tác kiểm tra người nộp thuế.

"Do vậy, đề nghị không quy định nội dung này tại Luật Thuế giá trị gia tăng và việc kiểm tra giám sát hoàn thuế được thực hiện thống nhất theo quy định của pháp luật về quản lý thuế", Bộ trưởng nói.

Đề nghị Chính phủ chịu trách nhiệm, tránh trục lợi chính sách

Trình bày Báo cáo thẩm tra dự án Luật này, ông Phan Văn Mãi, Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế và Tài chính (KTTC) của Quốc hội lưu ý, các nội dung Chính phủ đề xuất sửa đổi đều là những nội dung mới được sửa trong Luật Thuế GTGT năm 2024, được thông qua tại Kỳ họp thứ 8, có hiệu lực từ 01/7/2025; các chính sách về thuế luôn có phạm vi tác động rộng và nhiều chiều đến các đối tượng liên quan; vì vậy, việc sửa đổi luật cần được xem xét kỹ lưỡng, có tổng kết, đánh giá tác động toàn diện và khách quan từ các góc độ khác nhau.

Nhiều ý kiến trong Ủy ban KTTC cho rằng tại Kỳ họp này, chưa thật sự cần thiết trình Quốc hội sửa đổi Luật.

Trong trường hợp phải xử lý ngay các điểm nghẽn (nếu có) và để linh hoạt, Chính phủ có thể chủ động ban hành Nghị quyết của Chính phủ theo quy định của Nghị quyết số 206/2025/QH15 để xử lý khó khăn, vướng mắc do quy định của pháp luật, báo cáo UBTVQH, Quốc hội tại kỳ họp gần nhất và đánh giá toàn diện sau thời gian thực hiện để đề xuất sửa Luật chính thức (trong trường hợp cần thiết) trước tháng 3/2027.

Tuy nhiên, do hiện nay đang trong thời gian Quốc hội họp và để đồng hành cùng Chính phủ tháo gỡ vướng mắc cho các doanh nghiệp trong thời gian sớm nhất, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội đã thống nhất trình Quốc hội hồ sơ dự án Luật để xem xét trong Kỳ họp này.

Cơ quan thẩm tra nhấn mạnh, trong trường hợp các nội dung sửa đổi được Quốc hội thông qua để quay lại như quy định của Luật trước đây, đề nghị Chính phủ chịu trách nhiệm đối với các nội dung sửa đổi, bảo đảm giải quyết được các điểm nghẽn trong hoàn thuế và vướng mắc, bất cập phát sinh từ thực tiễn.

Đồng thời, bảo đảm Quy định số 178-QĐ/TW về kiểm soát quyền lực và phòng chống tham nhũng, tiêu cực trong công tác xây dựng pháp luật; không để xảy ra trục lợi chính sách, gian lận hoá đơn gây thất thoát, thiệt hại ngân sách nhà nước như đã xảy ra trong thời gian vừa qua; không tạo ra các khó khăn, vướng mắc mới cho các đối tượng nộp thuế và các đối tượng khác có liên quan.

Minh Minh