Theo lý giải của Bộ Tài chính, khoản lãi 2.089 tỷ đồng từ năm 2004-2006 của PVFCCo phát sinh chủ yếu do chênh lệch giá khí đầu vào thấp. Chỉ tính riêng năm 2006, trong số lãi 1.161 tỷ đồng có hơn 500 tỷ đồng lãi phát sinh là do chênh lệch giá khí đầu vào được quy định thấp. Cũng theo kiến nghị của Bộ Tài chính thì giá khí đầu vào cho Nhà máy đạm Phú Mỹ sẽ được thực hiện theo giá thị trường kể từ ngày 1 tháng 4 năm 2007.
Trước đó, khi dự án đầu tư xây dựng Nhà máy đạm Phú Mỹ thuộc PVFCCo được thuyết trình thì giá thành đạm của Nhà máy dự kiến từ 180-220 USD/tấn, trong khi giá bán đạm dự kiến là 180 USD/tấn. Vì vậy, Nhà máy có khả năng bị lỗ. Để bù đắp, tạo điều kiện về nguồn vốn cho Nhà máy đạm Phú Mỹ trong giai đoạn đầu, bởi phân đạm là một trong những mặt hàng có tác động đến an ninh lương thực của quốc gia và đây cũng là dự án hoá dầu đầu tiên được triển khai, các cơ quan hữu trách đã đồng ý cho Tổng công ty Dầu khí Việt Nam (nay là Tập đoàn Dầu khí Việt Nam) được dự phòng một nguồn kinh phí hình thành từ nguồn thu chênh lệch giữa giá bán và giá đảm bảo kinh doanh các sản phẩm khí năm 2001 của Nhà máy chế biến Dinh Cố để bù đắp cho dự án Nhà máy phân đạm Phú Mỹ khi đi vào sản xuất.
Theo tính toán của các chuyên gia tài chính, khoản chênh lệch giá phát sinh này từ năm 2001-2003 là 1.851 tỷ đồng nhưng không phải bù đắp cho Nhà máy đạm Phú Mỹ. Trên thực tế, kể từ khi đi vào sản xuất từ quý 4 năm 2004 đến nay, Nhà máy đạm Phú Mỹ không những không bị lỗ mà còn có lãi rất cao.
Năm 2004, Nhà máy này lãi 146 tỷ đồng; năm 2005 lãi 791 tỷ đồng, năm 2006 lãi 1.161 tỷ đồng; tổng cộng 3 năm lãi 2.089 tỷ đồng. Còn năm 2007, Nhà máy dự kiến lãi trên 800 tỷ đồng. Tuy nhiên, các chuyên gia cũng cho rằng, thực tế Nhà máy đạm Phú Mỹ có lãi lớn hơn vì giá đạm nhập khẩu và tiêu thụ trong nước hiện nay rất cao, khoảng 5,4 triệu đồng/tấn.
Nguyên nhân mà Nhà máy đạm Phú Mỹ có lãi rất cao như nói trên được đánh giá là do Nhà máy được mua khí khô của Công ty PV Gas với mức 1,3 USD/triệu BTU cho 10 năm đầu và 1,7 USD/triệu BTU cho 10 năm tiếp theo. Đây là mức giá “rất ưu đãi” bởi giá bán khí khô cho các hộ kinh doanh khác luôn là 3-3,3 USD/triệu BTU.
Với giá khí đầu vào được ưu đãi, công suất nhà máy cao, đạt trên 80% nên giá thành phân đạm của PVFCCo thấp, chỉ 140-150 USD/tấn. Tuy nhiên, giá bán đạm của Nhà máy lại được xác định theo giá nhập khẩu nên luôn ở mức 250-300 USD/tấn.
Các chuyên gia cũng tính toán rằng, nếu giá khí đầu vào của Nhà máy đạm Phú Mỹ ở mức 3 USD/triệu BTU thì với giá bán đạm ở mức 250 USD/tấn Nhà máy vẫn không phát sinh lỗ.
Nếu PVFCCo vẫn tiếp tục là DN Nhà nước thì việc có những hỗ trợ nhất định trong giá khí đầu vào có lẽ không phải bàn cãi nhiều. Tuy nhiên, với việc trở thành công ty cổ phần của PVFCCo thì mọi chuyện đang có sự thay đổi.
Theo các chuyên gia, nếu tiếp tục lập quỹ bù giá và bán khí theo giá bao cấp thì một bộ phận khoản thu từ khí thuộc sở hữu Nhà nước sẽ chuyển sang công ty cổ phần. Quỹ bù giá hiện có và dự kiến trích tiếp sẽ không cần thiết, vì gây lãng phí vốn lớn cho Ngân sách Nhà nước và trái với nguyên tắc các cam kết hội nhập WTO. Đây cũng là lý do khiến Bộ Tài chính “buộc phải” lên tiếng.
Theo đề xuất của Bộ Tài chính thì không lập quỹ bù giá khí đầu vào cho Nhà máy đạm Phú Mỹ, giao Bộ Tài chính quy định ngay giá bán khí ẩm mỏ Bạch Hổ nộp vào Ngân sách Nhà nước phù hợp với giá thị trường, các sản phẩm đầu ra của Công ty PV Gas trong đó có sản phẩm khí khô cung cấp cho Nhà máy đạm Phú Mỹ cũng được bán theo giá thị trường, thời điểm thực hiện là từ ngày 1 tháng 4 năm 2007.
Cũng liên quan tới quỹ bù giá khí cho Nhà máy đạm Phú Mỹ đã hình thành là 1.851 tỷ đồng, hiện nay Tập đoàn Dầu khí đang tạm sử dụng bổ sung nguồn vốn đầu tư sau khi được sự đồng ý của các cơ quan hữu trách. Về vấn đề này, Bộ Tài chính đề nghị cho ghi thu vào Ngân sách Nhà nước, ghi chi cấp vốn đầu tư cho Tập đoàn Dầu khí.