Ba Phó trưởng ban gồm: Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Trương Quang Nghĩa (Phó Trưởng ban thường trực); Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng; Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam Lê Minh Hưng. 16 ủy viên Ban Chỉ đạo là lãnh đạo một số bộ, ban ngành.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ tiếp tục nghiên cứu, đề xuất, tổ chức, triển khai thực hiện các chính sách, biện pháp để tái cơ cấu Tập đoàn Công nghiệp tàu thủy Việt Nam theo đúng chỉ đạo của Bộ Chính trị, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.
Ban Chỉ đạo có 2 tổ công tác và bộ phận điều phối giúp việc. Trong đó, Tổ công tác số 1: tái cơ cấu tổ chức, chiến lược phát triển, định hướng đầu tư và sản xuất - kinh doanh; Tổ công tác số 2: tái cơ cấu tài chính bảo đảm nguồn trả nợ, vốn cho hoạt động sản xuất - kinh doanh và đầu tư. Bộ phận điều phối giúp việc đặt tại Văn phòng Chính phủ.
