Theo phương án quy hoạch đã được phê duyệt, Khu nghỉ dưỡng Bảo Đại có 3 khu chức năng chính gồm: khu biệt thự hiện hữu cải tạo - bảo tồn, khu khách sạn và khu biệt thự nghỉ dưỡng. Các biệt thự xây mới và công trình khách sạn được thiết kế chủ yếu tại các vị trí có địa hình cao, men theo triền đồi và có tầm nhìn hướng biển.
Khu vực lập quy hoạch có diện tích 89.227,4 m2 mặt đất và 47.415,74 m2 mặt nước biển liền kề. Phía Đông giáp biển, phía Tây giáp đường Trần Phú, phía Nam giáp Viện Hải dương học, phía Bắc giáp khu dân cư.
