Theo tài liệu của vụ án, các cơ quan tiến hành tố tụng đã xác định Chứng khoán An Thành có nhiều lỏng lẻo trong quản lý. Trong quá trình hoạt động, CTCK An Thành ban hành nhiều quy định nội bộ về giao dịch chứng khoán để phù hợp với quy định của pháp luật. Cụ thể, Chứng khoán An Tành mở tài khoản giao dịch chứng khoán tại BIDV và Vietcombank và quản lý tiền của khách hàng tại các ngân hàng này. Như vậy, CTCK An Thành quản lý tiền của nhà đầu tư trên tài khoản tổng, thay vì quản lý tận chân từng tài khoản khách hàng.
Theo quy định nội bộ của Chứng khoán An Thành, tiền trong tài khoản của khách hàng sẽ được kế toán giao dịch hạch toán trên phần mềm hệ thống. Tương tự, mọi giao dịch chứng khoán cũng được thực hiện trên hệ thống phần mềm. Nguồn tiền được hạch toán trong tài khoản của khách hàng là từ tài khoản chung của Công ty, do khách hàng nộp vào. Khách hàng có thể nộp tiền mặt trực tiếp tại Công ty hoặc nộp tại ngân hàng. Khi khách hàng giao dịch, căn cứ trên kết quả giao dịch chứng khoán, kiểm tra khớp lệnh của hai sàn HSX, HNX, vào ngày T+3, Công ty sẽ hạch toán trên tài khoản khách hàng, trừ tiền để thanh toán cho VSD nếu là lệnh mua hoặc trả tiền vào tài khoản khách hàng nếu là lệnh bán. Đồng thời, khi khách hàng đến giao dịch thì phải viết phiếu lệnh giao dịch.
Tuy nhiên, do giá cổ phiếu biến động liên tục, CTCK này cho phép khách hàng đặt lệnh qua nhân viên môi giới, mà không cần phiếu lệnh ngay. Nhân viên môi giới đặt lệnh mua trên hệ thống rồi yêu cầu khách hàng bổ sung phiếu lệnh. Nhưng do lệnh đặt rất nhiều, Công ty không yêu cầu bổ sung nổi nên bỏ qua, chỉ quản lý trên hệ thống mạng.
Chính từ việc buông lỏng quản lý của Công ty đã tạo kẽ hỡ cho nguyên Kế toán trưởng Phạm Thị Mai Vân (sinh năm 1982, trú tại số 10 Hàng Vôi, phường Lý Thái Tổ, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội) mượn 9 tài khoản, làm giả các giấy nộp tiền vào tài khoản rồi tự hạch toán, rút 4,7 tỷ đồng nhằm đầu tư chứng khoán, gỡ gạc lại khoản thua lỗ trước đó. Sau khi bị Công ty phát hiện, từ ngày 29/7/2011 đến ngày 28/5/2012, Phạm Thị Mai Vân đã khắc phục cho CTCK An Thành hơn 4 tỷ đồng, còn nợ lại hơn 600 triệu đồng. Đến tháng 4/2012, Tổng giám đốc CTCK An Thành đã có đơn tố cáo Vân gửi tới cơ quan công an.
Trong quá trình giải quyết vụ án, Phạm Thị Mai Vân đã có đơn khiếu nại, nội dung đơn thư trình bày về việc CTCK An Thành giả mạo nhà đầu tư, làm hồ sơ khống vay tiền ngân hàng. Chẳng hạn, công ty này không có chức năng vay tiền ngân hàng nên đã làm giả các hợp đồng vay tiền của các cá nhân, mượn tên khách hàng chơi chứng khoán rồi làm giả tài liệu tăng giá trị cổ phiếu của khách hàng để vay vốn ngân hàng.
Khi khách hàng muốn vay vốn từ tài khoản tự doanh, Công ty mạo danh khách hàng làm giả giấy vay tiền nộp tiền vào tài khoản, tạo các bút toán giả được thực hiện trên một số tài khoản của khách hàng khác. Đối với sổ quỹ tiền giao dịch chứng khoán, Vân cho rằng, đây không phải là sổ quỹ của Công ty, vì không có chữ ký của Vân.
Tuy nhiên, cơ quan điều tra xác định việc CTCK An Thành vay tiền ngân hàng không liên quan đến hành vi đang được xem xét trong vụ án này của Vân. Kết quả điều tra cho thấy Vân tạo bút toán giả trên phần mềm, tự hạch toán là đã nộp tiền mặt vào quỹ Công ty và nộp tiền vào tài khoản ngân hàng, nhưng thực chất không nộp tiền. Vân còn hạch toán chuyển tiền từ tài khoản của Công ty sang tài khoản cá nhân khi chưa được phép. Khi Vân mua vào, Công ty phải dùng tiền thật để thanh toán cho Trung tâm Lưu ký chứng khoán.
Cũng không có chứng cứ chứng minh việc Vân làm giả chữ ký khách hàng, giả tài liệu để vay vốn ngân hàng là do Công ty chỉ đạo. Các khoản vay này Công ty đã trả nợ ngân hàng và trả lãi đầy đủ.
Đáng chú ý, ông Phạm Ngọc Phú, Tổng giám đốc CTCK An Thành được xác định là đã vi phạm quy định về quy chế tổ chức hoạt động công ty chứng khoán. Ông Phú đã làm sai quy trình, cho phép nhân viên môi giới nhận lệnh đặt mua, bán chứng khoán qua điện thoại di động và nhận lệnh bằng miệng, rồi sau đó mới bổ sung xác nhận đặt lệnh. Cơ quan điều tra đã kiến nghị Ủy ban Chứng khoán Nhà nước (UBCK) xử lý hành chính với ông Phạm Ngọc Phú.
Theo thông tin trên website của UBCK thì vào tháng 9/2012, UBCK đã ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với công ty này do không lưu giữ đầy đủ bằng chứng chứng minh đặt lệnh, mức phạt 20 triệu đồng. Gần đây nhất, vào tháng 11/2014, UBCK xử phạt CTCK An Thành vì vi phạm về giao dịch ký quỹ, với mức phạt 125 triệu đồng.