Theo cáo trạng, hai bị cáo đã lừa đảo chiếm đoạt 150 triệu đồng của các bị hại. Tuy số tiền không lớn, song các bị cáo đã nhận là người thân tín của lãnh đạo cấp cao và làm giả nhiều giấy tờ, văn bản, quyết định của các cơ quan quản lý Nhà nước.
Vào tháng 8/2011, bị cáo Ngụy Như Công cho bị cáo Lê Sỹ Lâm biết về Dự án nạo vét, kè sông Đáy và có thể đưa công ty của Lê Sỹ Lâm tham gia, nhưng phải chứng minh được nguồn vốn dư 20 tỷ đồng và chịu chi phí “chạy” dự án 4% trên tổng số tiền của dự án. Do không có tiền nên Lâm hứa tìm đối tác cho Công. Sau đó, Lâm đã giới thiệu dự án cho anh Nguyễn Thanh Bình và đòi 4,5% chi phí chạy dự án để hưởng chênh lệch. Anh Bình đã kêu gọi một số anh em có doanh nghiệp tham gia gồm Ngô Trọng Tuất và Nguyễn Văn Hưng làm hồ sơ dự thầu.
Tháng 11/2011, Công thông báo cho Lâm biết hồ sơ đã được chấp nhận và cho Lâm xem 3 văn bản photocopy gồm: Quyết định của UBND TP. Hà Nội về việc liên doanh Công ty Sông Đà Bình Phước và CTCP Đầu tư và Phát triển Vĩnh Sơn là tổng thầu nâng cấp và cải tạo sông Đáy, Thông báo vốn của Bộ Tài chính và Tờ trình của UBND TP. Hà Nội về việc xin Chính phủ cho phép thực hiện dự án nói trên, kèm theo phúc đáp của Chính phủ đồng ý giao UBND TP. Hà Nội làm chủ đầu tư. Sau đó, Lâm yêu cầu nhóm anh Bình phải đưa 200 triệu đồng thì sẽ giao các văn bản nói trên. Anh Bình đã giao cho Lâm 150 triệu đồng.
Sau khi nhận khoản tiền ban đầu, Lâm dẫn anh Ngô Trọng Tuất (nhóm của anh Bình) đến gặp Công. Công tự nhận mình tên Hải, người thân tín với lãnh đạo cấp cao và cho anh Tuất xem 3 văn bản photocopy gồm: Quyết định giải ngân của Bộ Tài chính, Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Phiếu chuyển văn bản trả lời của Văn phòng Chính phủ chấp thuận cho liên doanh nói trên làm tổng thầu. Công yêu cầu anh Tuất đưa 20 tỷ đồng thì sẽ giao các văn bản có dấu đỏ. Tuy nhiên, anh Tuất yêu cầu phải có Quyết định phê duyệt tổng dự toán của Chính phủ đối với dự án. Do thiếu văn bản trên nên anh Tuất không giao dịch với Công nữa. Không lừa được anh Tuất, Công tiếp tục tìm kiếm các DN khác để mời chào tham gia dự án. Giao dịch chưa thành công thì hành vi lừa đảo của Công và Lâm bị phát hiện và cả hai bị bắt. Kết quả giám định cho thấy, các văn bản nói trên đều là giả.
Tại cơ quan điều tra cũng như tại phiên xét xử, Công khai là chuyên gia môi giới dự án, Lâm khai là Giám đốc CTCP Thương mại và Xây dựng Thăng Long. Bị cáo Công và Lâm liên tục đổ lỗi cho nhau và cho rằng, nguồn gốc của các văn bản bị làm giả là xuất phát từ người kia, còn bản thân tin rằng đó là văn bản thật nên mới mời gọi DN tham gia dự án để hưởng lợi.
Đáng chú ý, tại phiên tòa, Nguyễn Thanh Bình vắng mặt nên không làm rõ được chi tiết về nguồn gốc các văn bản giả. Ngoài ra, anh Ngô Trọng Tuất cho biết, đã đưa cho Nguyễn Thanh Bình 1,1 tỷ đồng để “chạy” dự án. Tuy nhiên, trong tài liệu hồ sơ vụ án và trong quá trình điều tra, anh Tuất không khai với cơ quan điều tra về số tiền này.
Anh Tuất lý giải: Trước thời điểm đến gặp cơ quan điều tra, Nguyễn Thanh Bình có gọi điện và nói số tiền nhận của Tuất sẽ tự giải quyết và sẽ trả dần. Nghĩ rằng, vì quen biết và còn nhiều mối làm ăn khác, Tuất đã tạm gác lại việc khai ra số tiền 1,1 tỷ đồng. Nhưng từ đó đến nay, Tuất đòi tiền Nguyễn Thanh Bình thì Bình đều viện lý do để khất nợ. Anh Tuất khẳng định, Bình cũng có dấu hiệu lừa đảo. Do tài liệu điều tra chưa làm rõ tình tiết này, nên tòa án đã trả lại hồ sơ, yêu cầu điều tra bổ sung.