Để đảm bảo an toàn cho chuyến bay, cơ trưởng đã từ chối vận chuyển và bàn giao khách cho Cảng vụ Hàng không miền Bắc xử lý. Chuyến bay bị chậm gần 3 giờ so với dự kiến bay ban đầu và ảnh hưởng dây chuyền đến các chuyến bay sau đó.
Sự việc bắt đầu từ việc hành khách này được tiếp viên của Hãng yêu cầu xuất trình thẻ lên tàu theo đúng quy định. Tuy nhiên, hành khách không làm theo hướng dẫn của tiếp viên mà còn có phát ngôn “kiểm tra thẻ rồi kiểm tra bom luôn đi”.
Hành khách Lê Nguyễn Tuấn Tùng đã được an ninh sân bay đưa trở lại sân bay Nội Bài. Chuyến bay bị ảnh hưởng chậm chuyến đến gần 3 giờ sau đó mới tiếp tục cất cánh để thực hiện hành trình đến Nha Trang.
Việc làm ảnh hưởng đến an toàn chuyến bay hoặc phát ngôn thất thiệt gây thiệt hại không nhỏ cho các hãng hàng không và khách hàng. Như trường hợp khách tên Tùng ở trên khiến cho ảnh hưởng không chỉ về vật chất mà còn gây phiền hà cho gần 180 hành khách đi cùng, cũng như hành khách các chuyến bay kế tiếp khác bị ảnh hưởng dây chuyền, chậm chuyến.