Theo cáo trạng, ngày 21/3/2006, Quỳnh bị cơ quan cảnh sát điều tra, Công an TP. Hà Nội (PC46) khởi tố bị can về tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản và áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú. Trong thời gian tại ngoại để điều tra, Quỳnh vẫn tiếp tục thực hiện hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản. Để thực hiện hành vi phạm tội, Quỳnh dùng thủ đoạn mua xe ô tô, xe máy ngoài thị trường, sau đó bán cho khách với giá rẻ, chịu bù lỗ để khách tin tưởng đặt tiền mua xe, sau đó chiếm đoạt tiền đặt cọc của các bị hại.
Để thực hiện hành vi phạm tội, Quỳnh nhờ người đứng tên để thành lập công ty, sau đó thông qua pháp nhân để thực hiện hành vi lừa đảo. Cụ thể, khoảng tháng 8/2008, Quỳnh quen biết với Trần Minh Nguyệt (SN 1972) trú tại phường Kim Mã, quận Ba Đình, Hà Nội. Biết mình đang là bị can trong vụ án hình sự, khó lừa đảo chiếm đoạt tài sản của người khác, nên Quỳnh đã nói với Nguyệt là mình có nguồn xe ô tô, xe máy giá rẻ, mỗi xe ô tô nhập khẩu rẻ hơn so với thị trường từ 8.000 - 10.000 USD tùy từng loại xe. Nguyệt đứng ra thành lập công ty lấy tư cách pháp nhân ký hợp đồng mua bán với khách hàng, xuất hóa đơn. Còn Quỳnh lo nguồn xe cho khách, mỗi hợp đồng mua bán xe thành công, Quỳnh hứa sẽ cho Nguyệt từ 50 - 70 triệu đồng.
Ngày 9/11/2009, Trần Minh Nguyệt được Sở Kế hoạch và Đầu tư TP. Hà Nội cấp giấy phép thành lập CTCP Thương mại và Du lịch AT69 do Nguyệt làm Tổng giám đốc, có 2 trụ sở tại số 15/115, phố Núi Trúc, phường Kim Mã, quận Ba Đình, Hà Nội và số 2 ngõ 61 phố Lạc Trung, phường Vĩnh Tuy, quận Hai Bà Trưng, Hà Nội. Công ty còn có 2 cổ đông nữa là anh Hồ Đức Phương, trú tại quận Hà Đông, Hà Nội và chị Trần Thị Thu Hằng, trú tại quận Đống Đa, Hà Nội.
Thời gian đầu, Quỳnh đi mua xe ô tô, xe máy tại các cửa hàng đại lý bán ô tô, xe máy ở Hà Nội, rồi bù lỗ, bán giá rẻ cho khách. Khách hàng sau khi nhận xe, làm thủ tục đăng ký đầy đủ hợp pháp nên tin tưởng tiếp tục đặt mua xe hoặc giới thiệu cho người khác biết để mua xe của Quỳnh. Do tin tưởng Quỳnh có nguồn xe ô tô, xe máy giá rẻ, nhiều khách hàng đã không ký hợp đồng mua bán với Công ty AT69, mà chỉ trực tiếp giao dịch thẳng với Quỳnh.
Theo kết quả điều tra của cơ quan công an, trong khoảng thời gian từ tháng 10/2009 đến tháng 3/2010, bằng thủ đoạn trên, Quỳnh đã chiếm đoạt của 28 bị hại với tổng số tiền 38,89 tỷ đồng. Trong đó, chiếm đoạt của 26 cá nhân số tiền 36,9 tỷ đồng và 2 pháp nhân là Công ty TNHH thương mại Toàn Thắng (do ông Trịnh Văn Thắng làm đại diện) số tiền 896 triệu đồng; Công ty TNHH Lavila (do ông Huỳnh Minh Hoàng làm đại diện) số tiền 1,09 tỷ đồng.
Tại phiên xét xử, do vắng mặt một số bị hại và người liên quan, nên sau khi nghị án, Tòa quyết định tạm hoãn phiên xét xử và xử lại vào ngày 31/8/2013.