Ngày 25/5/2024, Phó Thủ tướng Trần Lưu Quang đã ký Quyết định số 449/QĐ-TTg về việc thi hành kỷ luật đối với ông Phạm Đình Cự, nguyên Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên.
Cụ thể, Thủ tướng Chính phủ quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức xóa tư cách chức vụ Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên nhiệm kỳ 2011-2016 đối với ông Phạm Đình Cự do đã có những vi phạm, khuyết điểm trong công tác và Ban Bí thư đã thi hành kỷ luật về Đảng.
Trước đó, ngày 14/9/2023, Công an tỉnh Phú Yên đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can và lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú đối với ông Phạm Đình Cự, nguyên Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên. Ông Cự bị khởi tố điều tra tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí" vì có liên quan đến vụ cho chuyển nhượng khu "đất vàng" ô phố A2 đường Hùng Vương (TP.Tuy Hòa) trái quy định pháp luật.
Tháng 1/2024, Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Yên cho biết đã ban hành cáo trạng truy tố các bị can Phạm Đình Cự (sinh năm 1956) và Đỗ Duy Vinh (sinh năm 1956, nguyên Giám đốc Sở Tài chính) để xét xử về tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí, theo quy định tại khoản 3 điều 219 Bộ luật Hình sự.
Theo cáo trạng, UBND tỉnh Phú Yên quyết định giao đất có thu tiền sử dụng đất, không thông qua đấu giá đối với 1.183 m2 đất (thuộc ô phố A2, đường Hùng Vương, P.6, TP.Tuy Hòa, tỉnh Phú Yên) cho Công ty cổ phần Pymepharco để thực hiện dự án Trung tâm Kinh doanh dược, mỹ phẩm và dịch vụ y tế Phú Yên.
Bị cáo Phạm Đình Cự thời điểm đó là Chủ tịch UBND tỉnh và bị cáo Đỗ Duy Vinh, thời điểm đó là Giám đốc Sở Tài chính biết Công ty cổ phần Pymepharco không triển khai thực hiện dự án, thuộc trường hợp phải thu hồi đất, nhưng vẫn làm các thủ tục cho công ty này chuyển nhượng quyền sử dụng diện tích đất nói trên cho Ngân hàng Ngoại thương - Chi nhánh Phú Yên vào tháng 7/2013.
Ngày 6 - 8/3/204, Uỷ ban Kiểm tra trung ương đã họp kỳ 37 dưới sự chủ trì của Chủ nhiệm Ủy ban Trần Cẩm Tú để xem xét đề nghị của Ban Chấp hành Đảng bộ các tỉnh Phú Yên, Gia Lai, Hà Giang về thi hành kỷ luật đảng viên vi phạm
Uỷ ban Kiểm tra trung ương nhận thấy, ông Phạm Đình Cự, cựu Phó bí thư Tỉnh ủy, Bí thư Ban cán sự đảng, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên; Nguyễn Tư Sơn, cựu Tỉnh ủy viên, Giám đốc Sở GD-ĐT tỉnh Gia Lai; Nguyễn Thế Bình, Tỉnh ủy viên, Bí thư Đảng ủy, Giám đốc Sở GD-ĐT tỉnh Hà Giang, đã suy thoái tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, vi phạm quy định những điều đảng viên không được làm và trách nhiệm nêu gương, vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong thực hiện chức trách, nhiệm vụ được giao, gây hậu quả rất nghiêm trọng, dư luận bức xúc, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và cơ quan quản lý nhà nước địa phương.
Căn cứ quy định của Đảng, Uỷ ban Kiểm tra trung ương đã đề nghị Ban Bí thư xem xét, thi hành kỷ luật các ông Phạm Đình Cự, Nguyễn Tư Sơn, Nguyễn Thế Bình.
Ngày 9/4/2024, Ban Bí thư đã quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức khai trừ ra khỏi Đảng đối với ông Phạm Đình Cự, đồng thời đề nghị các cơ quan chức năng thi hành kỷ luật hành chính kịp thời, đồng bộ với kỷ luật Đảng.