Các nội dung sẽ được kiểm toán là việc tuân thủ pháp luật, chế độ quản lý đầu tư và xây dựng, công tác quản lý chất lượng, tiến độ thi công công trình; đánh giá tính kinh tếm hiệu lực, hiệu quả trong công tác quản lý, sử dụng vốn đầu tư; thời gian kiểm toán là 45 ngày bắt đầu từ ngày 31/3/2015.
Ngoài Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam, 5 đơn vị sẽ được kiểm toán là các UBND huyện các huyện: Long Thành, Cẩm Mỹ, Thống Nhất (đều thuộc tỉnh Đồng Nai), UBND quận 9 (UBND Tp.HCM). Đây là các địa phương có sử dụng kinh phí đền bù, GPMB của Dự án.
Dự án xây dựng đường cao tốc Tp.HCM – Long Thành – Dầu Giây được thông xe toàn tuyến vào giữa tháng 2/2015 là tuyến đường bộ cao tốc nằm trên tuyến đường bộ cao tốc phía Đông thuộc quy hoạch mạng lưới đường bộ cao tốc Việt Nam từ Tp.HCM nối Quốc lộ 51 và Quốc lộ 1A. Công trình đi qua địa phận Thành phố Hồ Chí Minh và tỉnh Đồng Nai, có tổng chiều dài toàn tuyến là 55km, được chia làm 2 dự án thành phần với tổng mức đầu tư giai đoạn I là 20.630 tỷ đồng từ vốn vay thương mại của Ngân hàng phát triển Châu Á (276,8 triệu USD), vốn vay ODA của JICA (640,3 triệu USD) và vốn đối ứng của Việt Nam.
Kiểm toán Nhà nước cũng đã có quyết định kiểm toán hoạt động xây dựng và quản lý, sử dụng vốn đầu tư một số dự án do Bộ GTVT làm chủ đầu tư hoặc là Cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền là: Dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 18 đoạn thị xã Uông Bí – Tp. Hạ Long theo hình thức BOT; Dự án xây dựng nhà ga hành khách T2 – Cảng hàng không quốc tế Nội Bài; Dự án xây dựng đường nối từ sân bay Nội Bài đến cầu Nhật Tân.
Bộ GTVT cũng là một trong 7 bộ, ngành nằm trong danh sách các đối tượng được kiểm toán tại Quyết định số 309/QĐ – KTNN về Kiểm toán chuyên đề phát hành, quản lý và sử dụng vốn Trái phiếu Chính phủ năm 2014.