Có 3 nội dung được Thanh tra Chính phủ kết luận gây chú ý trong giới đầu tư.
Thứ nhất, giá trị thực tế của Vinaconex do Công ty Kiểm toán Việt Nam (VACO - cũ) xác định tại thời điểm 1/1/2005 là 3.300 tỷ đồng, giá trị thực tế phần vốn của Nhà nước tại DN là 998,7 tỷ đồng.VACO không trực tiếp kiểm kê, phân loại tài sản, công nợ mà chỉ căn cứ vào các biên bản kiểm kê tài sản của đơn vị được kiểm toán. Trong khi đó, sổ sách kế toán của Vinaconex chưa được người lập biểu, kế toán trưởng ký duyệt.
Thứ hai, Vinaconex xây 3 tòa nhà văn phòng không có trong quy hoạch được UBND TP. Hà Nội phê duyệt; vi phạm quy hoạch tổng diện tích hơn 5.500 m2, không tính giá trị quyền sử dụng đất khu Trung Hòa - Nhân Chính vào giá trị DN và bán, cho thuê diện tích tầng 1 các tòa nhà chung cư cao tầng, nhà văn phòng, trong khi diện tích này thuộc quyền quản lý của UBND TP. Hà Nội.
Thứ ba, Vinaconex còn sử dụng số tiền 1.082,9 tỷ đồng giá trị vốn nhà nước chưa xử lý tại thời điểm bàn giao sang Tổng CTCP Vinaconex JSC. Trong đó, có trên 810 tỷ đồng tiền thặng dư bán cổ phần lần đầu. Tổng hợp các khoản mục, Thanh tra Chính phủ kiến nghị thu hồi hơn 1.400 tỷ đồng.
Về những nội dung trên, liên quan đến xác định giá trị quyền sử dụng đất các toà nhà cao tầng tại khu Trung Hoà - Nhân Chính, Bộ Tài chính đã có văn bản chỉ rõ, đất xây dựng các tòa nhà chung cư là thuộc quyền sử dụng chung của các hộ dân sống trong tòa nhà đó nên không thể tính giá trị quyền sử dụng cho một mình Vinaconex. Về việc xây dựng nhà cầu nối và chuyển nhượng diện tích tầng 1 các tòa nhà cao tầng, Vinaconex đã được phép của UBND TP. Hà Nội. Hơn nữa, không thể xác định giá trị quyền sử dụng đất các nhà cầu nối giữa các tòa nhà chung cư cao tầng tại Trung Hòa - Nhân Chính, do các nhà văn phòng này được xây dựng trên một không gian mà phía dưới là tầng hầm, còn phía trên là khoảng không sử dụng chung của tòa nhà chung cư. Vì không có quyền sử dụng đất nên giá trị của quyền sử dụng đất không đủ căn cứ pháp lý để tính vào giá trị DN.
Đề cập đến khoản thặng dư bán cổ phần, Vinaconex viện dẫn Quyết định 56/2005/QĐ-TTg phê duyệt Đề án thí điểm CPH Vinaconex, trong đó nêu khoản thặng dư thu được từ đấu giá cổ phần lần đầu Vinaconex được để lại để thực hiện quyền mua cổ phần của cổ đông nhà nước khi DN tăng vốn. Ngày 5/12, Phó thủ tướng Nguyễn Sinh Hùng cũng đã có công văn khẳng định lại tinh thần này.
Về việc bán 11 triệu cổ phần cho 7 NĐT chiến lược trong nước, Vinaconex khẳng định đã cân nhắc, đánh giá kỹ lưỡng danh sách các NĐT, trình các cơ quan có thẩm quyền quyết định và sự tham gia của những NĐT này đã góp phần quan trọng vào thành công trong đợt IPO của Tổng công ty.
Trong khi DN lo giải trình nhằm làm rõ những kết luận của thanh tra thì cổ phiếu VCG của Vinaconex đang niêm yết tại HASTC đã chịu tác động tiêu cực, phiên giao dịch sáng 19/12, VCG giảm sàn còn 14.500 đồng/CP, dư bán giá sàn hơn nửa triệu đơn vị. Trao đổi với ĐTCK, nhiều tổ chức đầu tư nước ngoài hiện đang sở hữu cổ phiếu này tỏ ra lo lắng, song ủng hộ cách phản ứng nhanh bằng việc công bố thông tin liên quan đến vụ việc của Vinaconex ra thị trường.
Mua cổ phiếu là mua tương lai DN, khi mua cổ phiếu VCG, các NĐT đã nghiên cứu kỹ bản công bố thông tin và nay nếu Vinaconex bị truy thu hơn 1.400 tỷ đồng như kiến nghị của Thanh tra Chính phủ thì ai sẽ đền bù những thiệt hại của NĐT? Chính vì thế, mong muốn lớn nhất của các NĐT lúc này là Thủ tướng Chính phủ sớm có kết luận về những kiến nghị của Thanh tra, phân định rõ đúng, sai, để họ có thể ra quyết định đầu tư một cách đúng đắn nhất.
Trong báo cáo khẩn cấp gửi tới Thủ tướng Chính phủ ngày 19/12/2008, Vinaconex cũng đề nghị: “Thủ tướng Chính phủ sớm có ý kiến cuối cùng về kết luận của Thanh tra Chính phủ để các cơ quan nhà nước, NĐT, cổ đông và công luận hiểu rõ hơn về Tổng công ty. Trong trường hợp cần thiết, Tổng công ty đề nghị Thủ tướng Chính phủ tổ chức cuộc họp với sự tham gia của các đơn vị có liên quan để chỉ đạo xử lý dứt điểm các vấn đề, giúp DN yên tâm hoạt động sản xuất - kinh doanh”.