Theo kết quả thanh tra, Vinamilk đã bán 94.680 cổ phần dành để bán cho CBCNV cho các đối tượng ngoài Công ty là không đúng với phương án cổ phần hóa (CPH) đã được phê duyệt. Việc Vinamilk dùng quỹ để mua số lượng cổ phần ưu đãi mà các hộ nông dân không mua hết thay vì tổ chức đấu giá là không đúng quy định. Cũng theo thanh tra, giá trị chênh lệch giữa đấu giá bình quân và mệnh giá đối với số cổ phiếu này là 2,9 tỷ đồng (tính cả lãi suất ngân hàng đến 30/4/2007).
Bên cạnh đó, thanh tra cũng kết luận, việc Giám đốc Công ty Vinamilk dùng Quỹ tiền lương, Quỹ phúc lợi, Quỹ khen thưởng để mua cổ phần cho người lao động, tuy chưa gây hậu quả, nhưng không đúng quy định trong việc quản lý, sử dụng các Quỹ của Công ty.
Ngoài ra, Công ty phải chịu trách nhiệm về khoản lãi do chậm nộp về Quỹ Hỗ trợ sắp xếp và CPH doanh nghiệp Nhà nước, số tiền bán cổ phần thuộc phần vốn sở hữu nhà nước lần thứ nhất là 9,010 tỷ đồng; khoản lãi do chậm nộp tiền bán cổ phần thuộc phần vốn sở hữu nhà nước lần thứ hai là 16,9 tỷ đồng...
Ngoài những thiếu sót, vi phạm trong việc bán cổ phần và quản lý, sử dụng tiền thu từ bán cổ phần trên, thanh tra chưa phát hiện có hành vi tham nhũng tại Vinamilk, nội dung phản ánh lãnh đạo Công ty mua cổ phần ưu đãi và một số người trong lãnh đạo Công ty cùng với một số công ty nước ngoài thao túng thị trường sữa phía Nam là chưa có cơ sở.
Trên cơ sở những kết luận tại cuộc họp, Phó Thủ tướng yêu cầu các bộ ngành có liên quan và Công ty tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của các cá nhân liên quan đến những thiếu sót, vi phạm; báo cáo kết quả thực hiện lên Thủ tướng Chính phủ trong tháng 11 năm 2007.
