Theo đó, thông tư này áp dụng trực tiếp cho các tổ chức, cá nhân có liên quan đến thị trường tài sản mã hóa. Cụ thể, các sàn giao dịch hoặc nền tảng trung gian được thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam sẽ phải chịu trách nhiệm kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng cũng như thuế thu nhập doanh nghiệp cho các hoạt động cung cấp dịch vụ của mình.
Việc kê khai thuế giá trị gia tăng sẽ được thực hiện theo các quy định hiện hành về quản lý thuế. Đối với thuế thu nhập doanh nghiệp, các nền tảng này phải tự xác định số thuế tạm nộp hàng quý. Khi kết thúc năm, doanh nghiệp có thời hạn chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính để nộp hồ sơ quyết toán thuế năm. Toàn bộ quá trình nộp hồ sơ này đều bắt buộc phải được thực hiện bằng phương thức điện tử thông qua cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Một điểm đặc biệt quan trọng mà các nhà đầu tư cá nhân và các tổ chức nước ngoài cần lưu ý là cơ chế khấu trừ thuế tại nguồn. Các nền tảng cung cấp dịch vụ sẽ có trách nhiệm khấu trừ và nộp thuế thay cho người dùng đối với các giao dịch chuyển nhượng tài sản mã hóa. Thời điểm thực hiện việc xác định số thuế và khấu trừ này diễn ra ngay khi một giao dịch chuyển nhượng tài sản mã hóa được hệ thống xác nhận là thành công. Điều này có nghĩa là người dùng cá nhân hoặc tổ chức nước ngoài không cần phải tự mình đi đóng thuế thủ công cho từng giao dịch, mà hệ thống của nền tảng cung cấp dịch vụ sẽ tự động tính toán và giữ lại phần thuế phải nộp.
Sau khi đã khấu trừ thuế của nhà đầu tư, các nền tảng dịch vụ phải thực hiện kê khai và nộp số thuế đó cho cơ quan nhà nước theo định kỳ hàng tháng. Hồ sơ khai thuế được nộp bằng phương thức điện tử, bao gồm tờ khai khấu trừ thuế theo mẫu số 01/TSMH và bảng kê chi tiết số thuế đã khấu trừ theo mẫu số 01-1/BK-TSMH được ban hành kèm theo Thông tư. Thời hạn chậm nhất để nộp hồ sơ khai thuế này là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo liền kề tháng phát sinh nghĩa vụ thuế. Nếu có phát sinh tiền thuế phải nộp, thời hạn nộp tiền cũng sẽ chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế.
Để đảm bảo quyền lợi cho người dùng và tính minh bạch của thị trường, Thông tư cũng quy định rất rõ trách nhiệm của các nền tảng cung cấp dịch vụ. Họ phải quản lý tài khoản của nhà đầu tư một cách chặt chẽ, lưu giữ đầy đủ và chính xác dữ liệu của từng giao dịch. Hàng năm, các nền tảng này có nghĩa vụ cấp chứng từ khấu trừ thuế bằng phương thức điện tử theo mẫu số 01/CTKT-TSMH cho người nộp thuế. Đồng thời, họ phải xây dựng hệ thống công nghệ thông tin đủ mạnh để đảm bảo khả năng trích xuất dữ liệu, chuyển đổi dữ liệu theo định dạng phù hợp và cung cấp kịp thời cho cơ quan thuế khi có yêu cầu nhằm phục vụ công tác quản lý nhà nước.
Thông tư số 41/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực kể từ ngày 6/4/2026 và được áp dụng trong thời gian thực hiện thí điểm thị trường tài sản mã hóa tại Việt Nam.
Trước đó, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 32/2026/TT-BTC nhằm hướng dẫn thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá doanh nghiệp và thuế thu nhập cá nhân đối với giao dịch, chuyển nhượng, kinh doanh tài sản mã hóa. Đối với chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp, Điều 4 Thông tư hướng dẫn, nhà đầu tư là tổ chức được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng tài sản mã hóa thuộc đối tượng nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất 20%, trừ trường hợp quy định tại khoản 2 và khoản 3 Điều 10 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15.
Còn về chính sách thuế thu nhập cá nhân, Thông tư hướng dẫn, nhà đầu tư là cá nhân (không phân biệt cá nhân cư trú hay không cư trú) có hoạt động chuyển nhượng tài sản mã hóa qua tổ chức cung cấp dịch vụ tài sản mã hóa thuộc đối tượng nộp thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ 0,1% trên giá chuyển nhượng từng lần.