Theo Bộ trưởng Bộ Tài chính Vũ Văn Ninh, năm 2007, chỉ tính riêng khoản hoàn thuế GTGT, ngân sách đã bỏ ra 24.650 tỷ đồng, tăng 70% so với năm 2006. Số tiền hoàn thuế này đã giúp DN có thêm nguồn vốn để đầu tư vào hoạt động sản xuất - kinh doanh. Năm 2008 và các năm sau, con số này sẽ tiếp tục tăng mạnh do hoạt động sản xuất - kinh doanh, kim ngạch xuất khẩu mỗi năm một tăng.
Ông Nguyễn Đình Vu, Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế cho rằng, việc quy định điều kiện hoàn thuế như trên không chỉ phù hợp với thông lệ quốc tế, mà còn tạo điều kiện để hạn chế việc thanh toán bằng tiền mặt, một mặt ngăn chặn được hành vi mua bán sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, mặt khác còn góp phần tích cực trong việc phòng chống tham nhũng, lãng phí. Tuy nhiên, ông Vu cho rằng, thực tế hiện nay, khi các giao dịch thương mại vẫn phổ biến thanh toán bằng tiền mặt thì các văn bản hướng dẫn Luật Thuế GTGT sẽ quy định cụ thể giá trị giao dịch bao nhiêu mới phải thanh toán qua ngân hàng. “Bộ Tài chính sẽ nghiên cứu để đưa ra cụ thể giá trị giao dịch bao nhiêu mới bắt buộc phải thanh toán qua ngân hàng để được khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT đầu vào”, ông Vu cho biết.
Theo ý kiến của nhiều DN tại các cuộc hội thảo lấy ý kiến xây dựng Luật Thuế GTGT thì giá trị thanh toán bắt buộc phải qua ngân hàng trước mắt nên ở mức cao (ít nhất là 100 triệu đồng/lần giao dịch), sau khi DN quen dần với hình thức thanh toán không dùng tiền mặt cùng với nỗ lực cải cách hệ thống công nghệ ngân hàng thì mức “sàn” sẽ giảm xuống dần. “Điều này nằm trong 'tầm tay' của Chính phủ và Bộ Tài chính vì Dự án Luật Thuế GTGT quy định, Chính phủ quy định cụ thể các trường hợp đặc biệt và hàng hóa, dịch vụ mua từng lần có giá trị thấp không bắt buộc phải thanh toán qua ngân hàng vẫn được khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT”, đại diện một DN nhận định.
Thực tế cho thấy, sau gần 10 năm triển khai Luật Thuế GTGT, tình trạng gian lận trong khâu hoàn thuế, khấu trừ thuế diễn ra tại khắp các tỉnh, thành trên cả nước do việc khấu trừ thuế, hoàn thuế theo quy định hiện hành không bắt buộc phải thanh toán qua ngân hàng mà chỉ cần có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp. Theo lãnh đạo Tổng cục Cảnh sát, để có được hóa đơn hợp pháp, cá nhân chỉ cần thành lập DN, nhờ người, thậm chí là thuê người để thành lập DN, sau khi mua hóa đơn tại cơ quan thuế thì giải tán. Số hóa đơn này ngay lập tức được đem bán cho các DN khác để hoàn thuế khống. “Tình trạng này nghiêm trọng tới mức tại một số thành phố lớn, “dân buôn bán hóa đơn” còn lập cả chợ. Hoạt động mua bán hóa đơn tại “chợ” tấp nập suốt ngày đêm, nếu cơ quan pháp luật sao nhãng việc truy quét. Còn để có “hàng hóa đầu vào”, nhiều cá nhân còn thuê cả xe ôm, người mù chữ… làm giám đốc DN. Tình trạng này không chỉ làm thất thu ngân sách, mà còn ảnh hưởng xấu tới môi trường kinh doanh”, vị lãnh đạo này cho biết. Trong khi đó, lãnh đạo cơ quan thuế nhiều địa phương cho biết, tình trạng mua bán hóa đơn đã trở thành “quy trình khép kín” và hoạt động trên diện rộng, liên quan tới nhiều DN tại nhiều địa phương nên việc truy tìm nguồn gốc hóa đơn rất phức tạp.
Trước thực tế này, Luật gia Vũ Xuân Tiền (Công ty Tư vấn VFAM Việt Nam) đồng tình với quan điểm của Ban soạn thảo khi cho rằng, quy định này hợp lý nhằm ngăn chặn tình trạng trốn, lậu thuế, mua bán hóa đơn nhằm mục đích hợp lý hóa các khoản giao dịch gian lận, mua bán khống. Tuy nhiên, ông Vũ Xuân Tiền rất băn khoăn về công nghệ thanh toán của hệ thống ngân hàng hiện nay. Bởi theo ông, nếu việc thanh toán qua ngân hàng vẫn còn chậm trễ như hiện nay thì quy định như Dự án Luật Thuế GTGT chắc chắn sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động sản xuất - kinh doanh của DN. “Đề nghị Ban soạn thảo có nghiên cứu, đánh giá chính xác về vấn đề này, trước khi trình Quốc hội thông qua Dự án Luật Thuế GTGT. Trong trường hợp cần thiết, để hệ thống ngân hàng có thời gian chuẩn bị nên đưa ra lộ trình, có thể kéo dài thời hạn bắt buộc phải thanh toán qua ngân hàng đến năm 2010”, ông Vũ Xuân Tiền đề xuất.
Cũng theo Dự án Luật Thuế GTGT, đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, để được khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT, ngoài đáp ứng 2 điều kiện như hàng hóa, dịch vụ tiêu dùng trong nước còn phải có tờ khai hải quan hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Quy định này khiến các DN cung cấp dịch vụ cho rằng, họ rất khó thực hiện. “Hàng ngàn DN cung cấp dịch vụ tư vấn luật, cung ứng phần mềm, du lịch lữ hành quốc tế, tư vấn đầu tư… đang cung cấp dịch vụ cho DN nước ngoài sẽ không biết ghi thế nào trong tờ khai hải quan”, đại diện một DN băn khoăn và kiến nghị Ban soạn thảo xây dựng quy định riêng trong việc khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT đối với xuất khẩu dịch vụ.