Sau khi nhận được báo cáo của Bộ Giao thông về vụ việc lập quỹ đen tại Cục Đường thủy nội địa, Phó thủ tướng Trương Hòa Bình yêu cầu chuyển kết quả xác minh về tiêu cực kèm các tài liệu liên quan đến Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an và Viện Kiểm sát nhân dân tối cao để làm rõ và báo cáo kết quả lên Thủ tướng.
Trước đó, sau quá trình xác minh, Thanh tra Bộ Giao thông vận tải kết luận ông Phạm Văn Thông, nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa (trước đây thuộc Cục Đường thủy nội địa) đã nhận hơn 4,8 tỷ đồng của 15 nhà thầu, từ cuối năm 2015 đến 2016.
Số tiền này được ông Thông chi cho các cá nhân ở Cục Đường thủy nội địa để tổ chức hội nghị, hội thao, chi tiền ăn cho cán bộ, công chức và người lao động... Việc chi được các lãnh đạo Cục Đường thủy nội địa phê duyệt hoặc các cá nhân tự lấy tiền từ ông Thông.
Nguyên nhân xảy ra sai phạm, theo Thanh tra Bộ, là do lỗi chủ quan của các cá nhân tham mưu cùng lãnh đạo Cục, do sự thiếu hiểu biết pháp luật ở tất cả các cấp.
Việc thu tiền của các nhà thầu, duyệt chi cho hội nghị, hội thao, ăn uống, tiếp khách... của Cục Đường thủy nội địa bị Thanh tra Bộ đánh giá là "vi phạm pháp luật ở mức độ nghiêm trọng".