Theo kết luận của Ủy ban Kiểm tra Trung ương, Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn Hóa chất Việt Nam (Vinachem) đã thiếu trách nhiệm trong việc lãnh đạo, chỉ đạo, buông lỏng công tác kiểm tra, giám sát tổ chức đảng, đảng viên; không xem xét, xử lý trách nhiệm đối với một số cán bộ, lãnh đạo các đơn vị trực thuộc Tập đoàn có vi phạm, khuyết điểm để các đơn vị hoạt động không hiệu quả, thua lỗ nhiều năm. Điều động, luân chuyển, bổ nhiệm một số trường hợp vi phạm các quy định của Đảng và Nhà nước.
Thiếu trách nhiệm lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát trong quản lý, sử dụng, bảo toàn và phát triển vốn, tài sản của Nhà nước, gây hậu quả rất nghiêm trọng. Tập đoàn và một số công ty trực thuộc không bảo toàn được vốn chủ sở hữu; hoạt động sản xuất kinh doanh thua lỗ nghiêm trọng, trong đó nhiều công ty thua lỗ liên tục 2 năm trở lên, điển hình như Công ty Đạm Ninh Bình lỗ 4 năm liền; một số công ty của Tập đoàn góp vốn thành lập các công ty cổ phần, công ty liên doanh, liên kết không hiệu quả. Vi phạm trong quản lý các khoản nợ phải thu, phải trả và việc trích lập quỹ; trong việc ký hợp đồng hợp tác đầu tư, chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quản lý và sử dụng đất lãng phí, kém hiệu quả.
Thiếu trách nhiệm trong lãnh đạo, chỉ đạo, tổ chức thực hiện các dự án đầu tư. Đối với dự án Nhà máy Đạm Ninh Bình, mặc dù đã được các bộ, ngành, cơ quan chuyên môn cảnh báo Dự án hiệu quả thấp, tiềm ẩn nhiều rủi ro, song HĐTV và Tổng Giám đốc Tập đoàn vẫn trình cấp có thẩm quyền quyết định triển khai, dẫn đến Nhà máy liên tục thua lỗ với số tiền trên 2.500 tỷ đồng. Nhiều dự án Tập đoàn đầu tư không hiệu quả, trong đó có 4/5 dự án lỗ lũy kế trên 4.200 tỷ đồng.
HĐTV và Tổng Giám đốc Tập đoàn thiếu kiểm tra, giám sát để Ban quản lý dự án Đạm Ninh Bình thay đổi thiết bị xuất xứ từ các nước EU, G7 sang thiết bị của Trung Quốc không đúng với hợp đồng; có nhiều vi phạm trong ký hợp đồng, nghiệm thu, thanh quyết toán với nhà thầu, chậm quyết toán hoàn thành dự án; một số dự án sai phạm từ khâu lập dự án, thẩm định, phê duyệt, ký kết hợp đồng, nghiệm thu, thanh toán và thực hiện nghĩa vụ ngân sách nhà nước, làm tăng tổng mức đầu tư; có dự án phải tạm dừng thanh toán cho nhà thầu do không có kinh phí.
Cá nhân ông Nguyễn Anh Dũng, Bí thư Đảng ủy, Chủ tịch HĐTV Tập đoàn Vinachem được xác định thiếu trách nhiệm, buông lỏng quản lý, thiếu kiểm tra, giám sát để xảy ra những vi phạm, khuyết điểm trong công tác cán bộ; trong quản lý vốn, tài sản, đất đai và đầu tư của Tập đoàn, gây hậu quả rất nghiêm trọng; để Tập đoàn và một số công ty không bảo toàn được vốn Nhà nước giao. Thiếu kiểm tra, giám sát để xảy ra vi phạm nghiêm trọng trong quá trình thực hiện Dự án DAP số 2 Lào Cai. Chịu trách nhiệm chính về những vi phạm trong việc triển khai dự án đạm Hà Bắc.
Ông Đỗ Quang Chiêu, nguyên Bí thư Đảng ủy Cơ quan, nguyên Chủ tịch HĐQT Vinachem cũng phải chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm trong chỉ đạo thực hiện dự án Đạm Ninh Bình ở giai đoạn đầu, cụ thể là: Thiếu trách nhiệm khi trình cấp có thẩm quyền Báo cáo tiền khả thi và Báo cáo nghiên cứu khả thi Dự án, trong khi Quy hoạch phát triển ngành công nghiệp hóa chất Việt Nam chưa được phê duyệt. Mặc dù đã được các bộ, ngành, cơ quan chuyên môn cảnh báo Dự án hiệu quả thấp, tiềm ẩn nhiều rủi ro, song Đồng chí vẫn trình cấp có thẩm quyền cho phép đầu tư. Đến nay, Dự án hoạt động không hiệu quả, thua lỗ rất nghiêm trọng, mất hoàn toàn vốn chủ sở hữu của Nhà nước.
Ông Nguyễn Quốc Tuấn, nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Chủ tịch HĐQT Tổng Công ty, nguyên Chủ tịch HĐTV Tập đoàn được xác định đã thiếu trách nhiệm, buông lỏng quản lý, để xảy ra những vi phạm, khuyết điểm trong công tác quản lý vốn, tài sản, đất đai, đầu tư. Chịu trách nhiệm khi ký các quyết định phê duyệt Báo cáo nghiên cứu khả thi điều chỉnh dự án Nhà máy đạm Ninh Bình, điều chỉnh thời gian thực hiện Dự án trái với ý kiến chỉ đạo Thủ tướng Chính phủ; thiếu kiểm tra, giám sát để xảy ra những vi phạm, khuyết điểm trong quá trình thực hiện Dự án Đạm Hà Bắc, Dự án DAP số 2 Lào Cai. Ông Tuấn cũng phải chịu trách nhiệm chính trong việc ban hành nghị quyết của HĐQT về thực hiện Dự án đầu tư xây dựng Tổ hợp Trung tâm thương mại, văn phòng, căn hộ cao cấp tại số 233B, Nguyễn Trãi, Hà Nội trái quy định.
Với ông Đỗ Duy Phi, nguyên Phó Bí thư Đảng ủy Cơ quan; nguyên Ủy viên HĐQT, Tổng Giám đốc Tổng công ty; nguyên Thành viên HĐTV, Tổng Giám đốc Tập đoàn được xác định thiếu trách nhiệm, buông lỏng quản lý, để xảy ra những vi phạm, khuyết điểm trong quản lý vốn, tài sản, đất đai, đầu tư của Tập đoàn; chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm trong việc quyết định và triển khai Dự án đạm Ninh Bình, Dự án đạm Hà Bắc và Dự án DAP số 2 Lào Cai; chịu trách nhiệm trong việc ban hành văn bản về Dự án đầu tư xây dựng Tổ hợp Trung tâm thương mại, văn phòng, căn hộ cao cấp tại số 233B, Nguyễn Trãi, Hà Nội trái quy định.
Những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng uỷ các nhiệm kỳ 2005-2010, 2010-2015 và các đồng chí Nguyễn Anh Dũng, Đỗ Quang Chiêu, Nguyễn Quốc Tuấn, Đỗ Duy Phi được Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận là rất nghiêm trọng, đến mức phải thi hành kỷ luật.
Đối với ông Nguyễn Gia Tường, Phó Bí thư Đảng ủy, Tổng Giám đốc Tập đoàn và ông Nguyễn Đình Khang, nguyên Phó Bí thư Đảng uỷ, nguyên Thành viên HĐTV, nguyên Tổng Giám đốc Tập đoàn; nguyên Uỷ viên HĐQT Tổng Công ty được xác định phải chịu trách nhiệm chung về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn.
Tuy nhiên, khuyết điểm, vi phạm của đồng chí Nguyễn Gia Tường và đồng chí Nguyễn Đình Khang chưa đến mức phải xem xét, thi hành kỷ luật, UBKT Trung ương yêu cầu hai đồng chí kiểm điểm nghiêm túc, rút kinh nghiệm sâu sắc.