Hệ thống VNACCS/VCIS được phát triển trên cơ sở sử dụng công nghệ của hệ thống thông quan tự động NACCS/CIS đang được áp dụng rất thành công tại Nhật Bản. So với Hệ thống thông quan điện tử (e-Customs) mà Hải quan Việt Nam đang áp dụng, Hệ thống VNACCS/VCIS có mức độ tự động hóa cao hơn.
Hệ thống VNACCS/VCIS có nhiều điểm mới và thay đổi so với hệ thống e-Customs như chức năng tính thuế tự động được hoàn thiện; rút ngắn thời gian làm thủ tục bằng cơ chế phân luồng tự động do hệ thống VNACCS/VCIS được áp dụng ở nhiều khâu (quản lý hàng đi/đến tại cảng, quản lý bản lược khai hàng hóa Manifest, quản lý tờ khai và hồ sơ hải quan…); tăng cường kết nối giữa các bộ, ngành thông qua cơ chế một cửa quốc gia (NSW); lấy thông tin của dữ liệu đã đăng ký (như vận đơn, Manifest, hóa đơn) để khai báo xuất nhập khẩu; thực hiện đăng ký khai báo trước; quản lý hàng tạm nhập tái xuất…
Ngoài việc giảm thiểu sai sót, hệ thống có tốc độ xử lí nhanh chóng, chỉ vài giây sau khi khai báo là doanh nghiệp sẽ nhận được kết quả phản hồi (đối với tờ khai thuộc luồng xanh) để thực hiện nghĩa vụ về thuế (nếu có) và đi lấy hàng ngay. Tính ổn định của hệ thống cũng rất cao, Hệ thống VNACCS/VCIS tại Việt
Ông Nguyễn Mạnh Tùng, Cục trưởng Cục Công nghệ thông tin và thống kê Hải Quan, Phó trưởng ban thường trực Ban Triển khai dự án VNACCS/VCIS cho biết, khi tham gia vận hành thử, doanh nghiệp sẽ được hưởng sự hỗ trợ cao nhất từ cơ quan hải quan. Ban Triển khai dự án VNACCS/VCIS tại cơ quan Tổng cục và bộ phận hỗ trợ của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố sẽ túc trực hỗ trợ người sử dụng trên toàn quốc với các hình thức như hỗ trợ trực tiếp, thông qua điện thoại và qua Cổng thông tin điện tử Hải quan (địa chỉ www.customs.gov.vn).
