Giải toả thắc mắc này, ông Vũ Văn Trường, Vụ trưởng Vụ chính sách thuế (Bộ Tài chính) cho biết, Thông tư 13 chỉ là văn bản hướng dẫn Quyết định 16/2009/QĐ-TTg ngày 21/01/2009 của Thủ tướng Chính phủ ban hành một số giải pháp về thuế nhằm thực hiện chủ trương kích cầu đầu tư và tiêu dùng, ngăn chặn suy giảm kinh tế, tháo gỡ khó khăn đối với DN. Theo Quyết định này thì kể từ ngày 1/2/2009 đến hết ngày 31/12/2009, các mặt hàng như than đá, than cám, than cốc, than bùn và than đóng cục, đóng bánh; hoá chất cơ bản; sản phẩm cơ khí là tư liệu sản xuất (trừ sản phẩm cơ khí tiêu dùng); ôtô các loại; linh kiện ôtô; tàu, thuyền; sản phẩm bê tông công nghiệp; máy xử lý dữ liệu tự động và các bộ phận, phụ tùng của máy; vận tải (không bao gồm vận tải quốc tế); kinh doanh khách sạn… được giảm 50% mức thuế suất thuế GTGT. Tức là chỉ phải chịu thuế GTGT 5% thay vì 10% như quy định tại Thông tư 129/2008/TT-BTC.
Theo ông Trường, cho dù về lý thuyết, Thông tư 13 chưa có hiệu lực nhưng 19 nhóm hàng hoá, dịch vụ kể trên vẫn được hưởng thuế suất thuế GTGT 5%. "Trong thời gian văn bản chưa có hiệu lực, cơ quan thuế, hải quan và kho bạc vẫn phải triển khai việc giảm 50% thuế GTGT đối những loại hàng hoá, dịch vụ này. Đối với hàng hoá nhập khẩu, khi nhập khẩu hàng hoá tiêu dùng (không thuộc diện được tạm giãn thời gian nộp thuế GTGT), DN phải nộp thuế GTGT ngay tại cửa khẩu khi làm tờ khai hải quan, các tờ khai hải quan nhập khẩu kể từ ngày 1/2/2009 đến 31/12/2009, nhà nhập khẩu chỉ phải nộp thuế GTGT 5%, thay vì mức thuế suất 10% như quy định tại Thông tư 129", ông Trường giải thích.
Đối với hàng hoá trong nước, ông Trường lấy ví dụ, Công ty A bán 60 bộ máy vi tính (thuộc đối tượng được giảm 50% thuế GTGT) cho Công ty B với giá bán chưa có thuế GTGT là 5,2 triệu đồng/bộ. Khi lập hoá đơn GTGT giao cho Công ty B, Công ty A ghi giá bán là 5,2 (triệu đồng) x 60 (cái) tương đương 312 triệu đồng, thuế suất thuế GTGT là "10% x 50%" tương đương với 15,6 triệu đồng và thu tổng cộng 327,6 triệu đồng. Số thuế GTGT (15,6 triệu đồng), Công ty A thu của Công ty B nhưng chưa phải nộp ngay vào ngân sách nhà nước, mà phải đến tháng 3/2009, khi thực hiện quyết toán thuế, Công ty A mới phải nộp số tiền này vào ngân sách.
Về thời điểm có hiệu lực và thời điểm áp dụng Thông tư 13, ông Trường cho biết, trong quá trình xây dựng văn bản, Bộ Tài chính đã cân nhắc về việc quy định cụ thể ngày có hiệu lực là từ 1/2/2009 để DN và cơ quan quản lý thuế đỡ hiểu nhầm văn bản khi triển khai thực hiện. Tuy nhiên, do Luật Ban hành các văn bản quy phạm pháp luật quy định các văn bản quy phạm pháp luật chỉ có hiệu lực sau 45 ngày kể từ ngày ký nên không thể quy định khác được.
"Quyết định 16/2009/QĐ-TTg không giao cho Bộ Tài chính hướng dẫn nên việc giảm 50% thuế GTGT phải căn cứ vào Quyết định 16/2009/QĐ-TTg, chứ không căn cứ vào Thông tư 13. Trên thực tế, Thông tư 13 chỉ quy định cụ thể cách thức viết hoá đơn GTGT đối với mặt hàng được giảm thuế GTGT mà thôi", ông Trường nhấn mạnh. Mặt khác, theo Luật Văn bản quy phạm pháp luật, trong trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật có quy định khác nhau về cùng một vấn đề thì áp dụng văn bản có hiệu lực pháp lý cao hơn.
Để bảo đảm thực hiện một số giải pháp về thuế nhằm thực hiện chủ trương kích cầu đầu tư và tiêu dùng, ngăn chặn suy giảm kinh tế, tháo gỡ khó khăn đối với DN theo đúng tinh thần của Quyết định 16/2009/QĐ-TTg, ông Trường cho biết, các DN cần căn cứ vào Luật Quản lý thuế. Cụ thể, DN sản xuất - kinh doanh, nhập khẩu các mặt hàng thuộc diện được giảm 50% thuế GTGT được quyền tự tính thuế, tự xác định số thuế được miễn, số thuế phải nộp, mà không cần phải thực hiện bất cứ thủ tục hành chính nào, không phải xin phép bất cứ cơ quan nào.
"Bộ Tài chính chỉ đã chỉ đạo, cơ quan hải quan và cơ quan thuế không được gây khó khăn, phiền hà cho DN trong việc giảm thuế GTGT trong thời gian Thông tư 13 chưa có hiệu lực", ông Trường khẳng định.
