Trong 3 năm 2009 - 2011, Công ty TNHH Điện tử Meiko Việt Nam (Hà Nội) lỗ gần 301 tỷ đồng.
Báo cáo của Cục Thuế Hà Nội, TP.HCM, Bình Dương, Đồng Nai tại thời điểm 31/12/2011 cho thấy, trong 125 doanh nghiệp hạch toán lỗ trong 3 năm 2009 - 2011, có 36 doanh nghiệp lỗ 3 năm liên tiếp, với số lỗ 2.856 tỷ đồng trên doanh thu 28.412,33 tỷ đồng; 69 doanh nghiệp lỗ 2 năm liên tiếp với số lỗ 1.829 tỷ đồng trên doanh thu 16.303,9 tỷ đồng.
Một số doanh nghiệp lỗ lớn, như Công ty TNHH Sumitomo Bakelite Việt Nam (Hà Nội) trên 777,67 tỷ đồng trong 3 năm liên tiếp;
Công ty TNHH Sản phẩm công nghiệp Toshiba Asia (Đồng Nai) lỗ 3 năm trên 430,4 tỷ đồng; Công ty TNHH Điện tử Meiko Việt Nam (Hà Nội) 3 năm lỗ, với số tiền gần 301 tỷ đồng;
Công ty TNHH Sài Gòn STEC (Bình Dương) 3 năm lỗ trên 218 tỷ đồng. Công ty TNHH Olympus Việt
Công ty TNHH Freetrend Industraial Việt Nam (TP.HCM) lỗ 2 năm 222,59 tỷ đồng, Công ty TNHH Sài Gòn Stec (Bình dương) lỗ 3 năm 218,736 tỷ đồng.
Tới thời điểm 31/12/2011, có 62 DNCX, chiếm 15,5% số DNCX trên địa bàn 4 địa phương trên nợ 9,4 tỷ đồng tiền thuế, trong đó, Công ty TNHH TF nợ nhiều nhất (1,1 tỷ đồng).
Thanh tra Chính phủ đánh giá, có tới 57% DNCX không phát sinh doanh thu, hoặc hạch toán lỗ, hoặc không có lãi. Tình trạng nhiều doanh nghiệp kê khai lỗ kéo dài liên tục trong nhiều năm, trong khi tốc độ tăng doanh thu hàng năm vẫn cao, hoạt động sản xuất, kinh doanh liên tục được mở rộng, thậm chí nhiều doanh nghiệp hoạt động kinh doanh có số lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu cũng được đưa ra trong kết quả thanh tra.
Mặc dù có nhiều nguyên nhân được liệt kê cho số lỗ khủng trong sản xuất, kinh doanh của các DNCX, như doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu tư, chưa có doanh thu, do ảnh hưởng của suy thoái kinh tế toàn cầu thời kỳ 2007-2009. Tuy nhiên, vấn đề nổi cộm được nhắc tới là dấu hiệu chuyển giá trong giao dịch, liên kết.
Theo các chuyên gia, bản chất của chuyển giá là chuyển lợi nhuận ra nước ngoài thông qua việc nhập khẩu nguyên vật liệu, máy móc, thiết bị với giá cao và xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài với giá thấp, để tạo nên tình trạng lỗ, nhằm trốn thuế thu nhập doanh nghiệp. Thực trạng này không chỉ gây thất thu cho ngân sách nhà nước, mà còn tạo nên sự mất công bằng trong thực hiện nghĩa vụ thuế, tạo cạnh tranh không lành mạnh, ảnh hưởng đến môi trường đầu tư.
Mặc dù dữ liệu, thông tin có biểu hiện của chuyển giá, nhưng cơ quan thanh tra cũng thừa nhận, do không xác minh được thông tin đầu ra đối với doanh nghiệp nước ngoài, nên cơ quan thuế không đủ cơ sở để xem xét, xử lý.
Trước khi Thanh tra Chính phủ tiến hành thanh tra thu ngân sách tại KCX và DNCX ở 4 địa phương là Hà Nội, TP.HCM, Bình Dương và Đồng Nai, cơ quan hải quan tại các địa phương này cũng đã có những cuộc thanh, kiểm tra và phát hiện các sai phạm tại doanh nghiệp.
Những sai phạm này tập trung chủ yếu vào việc DNCX tự thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa và nguyên phụ liệu nhập khẩu được miễn thuế mà không khai thuế; khai tăng so với định mức tiêu hao nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu mà không khai bổ sung trước thời điểm cơ quan chức năng kiểm tra; không ghi chép trong sổ sách các khoản thu liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp, lập và khai không đúng các nội dung trong hồ sơ thanh khoản dẫn tới chênh lệch số liệu.
Đáng chú ý là, dù có nhiều sai phạm được chỉ ra, nhưng cơ quan chức năng cũng có tình trạng bỏ ngỏ cho các DNCX khi việc thanh, kiểm tra ở các địa phương không được thường xuyên, liên tục. Đơn cử, Cục Thuế Đồng Nai, cả năm 2009 không thanh tra DNCX, còn Cục Hải quan Hà Nội cũng không tổ chức thanh, kiểm tra trong 3 năm liên tục hay Cục Hải quan TP.HCM chỉ thanh tra một doanh nghiệp.
Đây có lẽ cũng là một trong những nguyên nhân khiến nhiều DNCX đã tùy tiện thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa, nguyên phụ liệu nhập khẩu được miễn thuế mà không kê khai để nộp thuế, khai tăng so với định mức tiêu hao nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu; lập và khai không đúng nhiều số liệu.
Đáng nói là, chỉ với 15 DNCX được các cơ quan tại địa phương tiến hành thanh, kiểm tra trong thời gian 2009-2011, số tiền truy thu thuế và xử phạt đã lên tới 16 tỷ đồng.
