Hiện nay đang có xu hướng nhiều DN, tập đoàn lớn tìm hiểu cơ hội và mong muốn đầu tư vào nông nghiệp - nông thôn như Vingroup, Him Lam, Viettel, FLC… Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã thành lập nhóm thu hút đầu tư nông nghiệp - nông thôn với sự tham gia của các cơ quan quản lý thuộc Bộ và 30 DN nòng cốt đầu tư trong nông nghiệp. Tuy nhiên, nếu những rào cản không được tháo gỡ, rất khó thu hút DN bỏ vốn vào lĩnh vực này.
Trước hết phải kể đến bất cập trong nhóm chính sách hỗ trợ DN. Đơn cử, chính sách quy định, khi quy hoạch hạ tầng cơ sở cho dự án đầu tư nông nghiệp, Nhà nước sẽ đầu tư đầy đủ hệ thống điện, đường đến tận chân công trình xây dựng dự án.
Trên thực tế, hầu hết các địa phương không có ngân sách để đầu tư các công trình này nên nhà đầu tư phải tự thực hiện, gây nhiều khó khăn cho DN khi đầu tư mới hoặc mở rộng, đầu tư đối với các dự án phát triển nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.
Các DN đã kiến nghị, Nhà nước có cơ chế xác định phần vốn DN ứng trước để đầu tư cơ sở hạ tầng ngoài hàng rào dự án (được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt) và khoản đầu tư ứng trước này được trừ dần vào tiền thuê đất, tiền thuê cơ sở hạ tầng hoặc được trừ vào thu nhập chịu thuế của DN.
Hay theo quy định hiện hành, trang thiết bị nhà kính (với chi phí đầu tư khoảng 3 tỷ đồng/héc-ta) dù đầu tư lớn, nhưng không được phép sử dụng làm tài sản đảm bảo khi vay ngân hàng, nên DN nông nghiệp công nghệ cao khó tiếp cận vốn tín dụng.
Các nút thắt liên quan đến thuế được nhắc đến nhiều nhất. Chẳng hạn, DN nhập khẩu vật tư được khấu trừ thuế GTGT nhờ có đủ chứng từ hóa đơn đầu vào, trong khi các DN chế biến và tiêu thụ nông sản chế biến ở thị trường trong nước không khấu trừ được thuế GTGT đầu vào vì mua nông sản nguyên liệu của nông dân không có hóa đơn, làm gia tăng giá thành sản phẩm, giảm sức cạnh tranh của hàng Việt Nam.
Hoặc các DN xuất khẩu cà phê phản ánh, họ được miễn thuế VAT xuất khẩu nhưng thủ tục kiểm tra, quyết toán hoàn thuế rất chậm, làm ảnh hưởng đến dòng vốn.
Một bất cập nữa cũng được nhắc đến, do khoảng cách vận chuyển xa, thời gian vận chuyển dài, nếu nông sản thay đổi chất lượng và trọng lượng khách hàng sẽ trừ dần tiền. Khi DN tiến hành hoàn thuế VAT cho các lô hàng này thì chỉ được hoàn thuế theo giá trị thực nhận đã bị trừ phần giá trị hao hụt, thấp hơn so với giá trị thực xuất. Bởi vậy, DN kiến nghị xác định doanh thu để hoàn thuế trên giá trị thực xuất.
Đối với thuế thu nhập DN, khi quyết toán thuế cả năm, cơ quan thuế yêu cầu số tiền nộp thuế nộp thiếu thì DN phải nộp ngay, nhưng số tiền thuế nộp thừa thì cơ quan thuế không hoàn trả ngay cho DN, mà chỉ khấu trừ dần. DN kiến nghị cơ quan thuế nên tiến hành hoàn trả số tiền thừa ngay, giúp DN có dòng tiền hoạt động và đảm bảo công bằng.
Bên cạnh những bất cập về thuế, thủ tục hành chính cũng là vướng mắc rất lớn của các DN nông nghiệp, trong đó bị phàn nàn nhiều nhất là thủ tục nhập khẩu giống cây trồng. Cụ thể, thủ tục nhập khẩu các giống hoa mới hiện nay rất khắt khe, với yêu cầu bên xuất khẩu phải cung cấp bảng phân tích nguy cơ dịch hại, yêu cầu nhà xuất khẩu phải cung cấp đầy đủ các số liệu kinh doanh, sản lượng sản xuất, các nước xuất khẩu đến…
Vì đây đều là các số liệu liên quan đến bí mật kinh doanh của DN nên đối tác nước ngoài không muốn cung cấp cho các DN Việt Nam, nhiều DN do đó không thể nhập khẩu được giống cây phù hợp và có tiềm năng tiêu thụ trên thị trường.
Việt Nam là quốc gia có tiềm năng lớn về kinh tế nông nghiệp, nhưng đầu tư của các DN vào lĩnh vực này lâu nay được nhận xét là chưa tương xứng. Có nhiều nguyên nhân dẫn tới tình trạng này, trong đó có việc tồn tại những thủ tục, rào cản nêu trên. Để DN có những đột phá trong đầu tư vào lĩnh vực này, các cơ quan quản lý còn có rất nhiều việc phải làm.