Theo quy định, sản phẩm gỗ được sản xuất, chế biến từ nguyên liệu nhập khẩu sẽ được miễn thuế xuất khẩu
Theo đơn khởi kiện của Công ty Phương Nam, năm 2012, công ty này đã ký hợp đồng với một số công ty trong nước mua gỗ nhập khẩu từ Lào để sản xuất, xuất khẩu sang thị trường Đài Loan. Hai lô hàng này thuộc đối tượng được miễn thuế xuất khẩu theo quy định tại Thông tư 193/2012/TT-BTC hướng dẫn biểu thuế xuất khẩu, nhập khẩu ưu đãi (trường hợp hàng hóa có đủ điều kiện xác định là được sản xuất, chế biến từ toàn bộ nguyên liệu nhập khẩu thì không phải nộp thuế xuất khẩu).
Điều kiện để hưởng thuế suất ưu đãi với mặt hàng gỗ có xuất xứ từ gỗ nhập khẩu, theo Điều 17, Thông tư 01/2012 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về hồ sơ lâm sản hợp pháp là ngoài hóa đơn bán hàng, DN cần đính kèm bảng kê lâm sản có xác nhận của cơ quan kiểm lâm sở tại. Vì vậy, khi mở tờ khai hải quan cho 2 lô hàng gỗ xuất khẩu ngày 12/2/2012, Công ty Phương Nam cho biết, đã nộp đầy đủ bộ hồ sơ gồm hợp đồng mua bán, hóa đơn giá trị gia tăng, xác nhận của kiểm lâm về nguồn gốc gỗ nhập khẩu. Công ty cũng nộp bản khai chi tiết toàn bộ lượng gỗ trên, gồm gỗ nguyên trạng và gỗ đã qua chế biến (gỗ tròn, xẻ quy cách).
Thời điểm làm thủ tục, Chi cục Hải quan Bắc Hà Nội yêu cầu Công ty Phương Nam tạm nộp thuế xuất khẩu số tiền 296 triệu đồng. Để đảm bảo tiến độ xuất khẩu, DN đã nộp đầy đủ số tiền thuế và sau đó có đơn kèm hồ sơ đề nghị được hoàn thuế.
Sau đó, với số lượng hàng hóa là gỗ nguyên trạng, Chi cục Hải quan đã hoàn thuế ứng với số tiền 143,9 triệu đồng. Tuy nhiên, lô hàng còn lại là gỗ chế biến (tương ứng 152 triệu đồng) không được hoàn thuế. Công ty nhiều lần gửi đơn khiếu nại, nhưng Chi cục Hải quan Bắc Hà Nội và Cục Hải quan TP. Hà Nội vẫn trì hoãn. Do đó, Công ty gửi công văn đến Bộ Tài chính đề nghị được hoàn thuế lô hàng trên.
Ngày 24/1/2014, Bộ Tài chính có văn bản giao Cục Hải quan Hà Nội kiểm tra sau thông quan để xác minh làm rõ nguồn gốc gỗ nhập khẩu. Ngày 13/8/2014, Cục Hải quan Hà Nội kiểm tra sau thông quan tại trụ sở Công ty. Ngày 14/1/2015, Cục có Công văn 113 báo cáo thực hiện kết quả. Nội dung Công văn nêu, Công ty Phương Nam không có bảng kê lâm sản xác nhận của hạt kiểm lâm sở tại về số lượng gỗ sau chế biến và căn cứ vào Thông tư 01/2012 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, lô hàng gỗ chưa đủ điều kiện để hoàn thuế xuất khẩu.
DN đã nhiều lần khiếu kiện và Cục trưởng Cục Hải quan TP. Hà Nội ban hành Quyết định 136 với nội dung giữ nguyên Công văn 113. Quyết định này là nguyên nhân dẫn đến khiếu kiện kéo dài và hai bên nhờ tòa án phân xử.
Mấu chốt của vụ việc này là thời điểm mở tờ khai, DN không nhận được thông báo yêu cầu bổ sung giấy tờ. Chi cục Hải quan Bắc Hà Nội cũng thừa nhận sơ xuất này, song lại “chữa cháy” bằng cách yêu cầu DN nộp báo cáo định kỳ tình hình nhập khẩu, xuất khẩu và bảng kê lâm sản có xác nhận của hạt kiểm lâm sở tại. Điều này đẩy DN vào thế khó, bởi lẽ, thời điểm này, lô hàng mà Công ty Phương Nam xin được hoàn thuế đã được thông quan, xuất khẩu.
Trước tình thế “sự đã rồi”, Cục Hải quan tiếp tục vin vào việc, doanh nghiệp không có đánh giá, phân loại của kiểm lâm, từ đó suy ra rằng, Công ty Phương Nam thuộc diện doanh nghiệp cần có xác nhận của hạt kiểm lâm sở tại đối với hàng hóa xuất khẩu.
Tuy nhiên, hạt kiểm lâm sở tại cho biết, Công ty Phương Nam không có báo cáo về tình hình nhập, xuất khẩu định kỳ 3 tháng/lần nên chưa có cơ sở đánh giá phân loại. Còn đại diện Công ty Phương Nam khẳng định, DN chưa từng xảy ra vi phạm, do đó, không thuộc trường hợp quy định bản kê hàng hóa xuất khẩu cần xác nhận của hạt kiểm lâm. Công ty Phương Nam đề nghị hủy Công văn 136.
Tại tòa, nhiều câu hỏi đã được HĐXX đưa ra: Cán bộ hải quan có nhiệm vụ kiểm tra, giám sát hàng hóa và nắm vững pháp luật, lỗi của hải quan, tại sao lại bắt DN phải chịu trách nhiệm? Hải quan sẽ giải quyết hậu quả ra sao? Song chưa có câu trả lời.
Hội đồng xét xử TAND TP. Hà Nội đã tuyên hủy Công văn 136. Bản án cũng cũng nhận định, trong vụ việc này, trách nhiệm thuộc về công chức hải quan. Do đó, Công văn số 136 là không phù hợp.
