Trong đó đặc biệt nổi lên hai vấn đề chính là số nợ thuế không thể đòi được đến hết năm 2015 rất lớn, trong khi đó, qua 5 năm (2011 2015) dù Cục Hải quan TP. HCM đã để xảy ra một số vụ vi phạm hành chính trong hoạt động hải quan liên quan đến cán bộ, song theo kết luận không có hành vi nào là tham nhũng, vụ lợi.
Hơn 85% nợ thuế không thể thu hồi
Cục Hải quan TP. HCM cho biết, tại thời điểm năm 2011, Tổng nợ thuế tại Cục Hải quan TP. HCM là 1.593 tỷ đồng, trong đó nợ có khả năng thu là hơn 940 tỷ đồng, nợ không có khả năng thu là 617 tỷ đồng. Tuy nhiên, đến hết năm 2015, tổng nợ thuế tại Cục này đã lên đến 1.435 tỷ đồng, trong đó nợ không có khả năng thu lên đến 1.234 tỷ đồng (chiếm hơn 85% tổng nợ thuế).
Theo Cục này, nguyên nhân khoản nợ thuế không có khả năng thu năm 2015 tăng nhanh là do trước khi Luật Quản lý thuế có hiệu lực, các doanh nghiệp (DN) được hưởng chính sách ân hạn thuế 30 ngày sau khi thông quan hàng hóa. Lợi dụng chính sách tạo điều kiện thông thoáng trong hoạt động hải quan, nhiều DN đã không nộp thuế, chây ỳ bỏ trốn, mất tích hoặc không để lại địa chỉ.
Phía Cục Hải quan TP. HCM đã tích cực tiến hành lập hồ sơ đôn đốc thu hồi các khoản nợ thuế trên, tuy nhiên do nhiều DN cố tình, nên khả năng thu nộp ngân sách đến năm 2015 còn nhiều, có những khoản nợ phát sinh từ năm 1991.
Trước thực trạng trên, Cục Hải quan TP. HCM đang làm hồ sơ để báo cáo Tổng cục Hải quan xin xóa nợ, trong đó nợ không còn khả năng thu hiện nay mới chỉ xóa được 65,2 tỷ đồng (chiếm 5,3%) số nợ.
Lý do xin xóa nợ số thuế nói trên, theo giải thích của Cục Hải quan TP. HCM là: "Xét về tổng nợ thuế của Cục Hải quan TP. HCM hiện chỉ chiếm 1,5% so với tổng thu Ngân sách Nhà nước (NSNN) năm 2016 (1.535/102.500 tỷ đồng), thấp hơn tổng nợ thuế của ngành hải quan (tổng nợ chuyên thu 4.432 tỷ đồng/số NSNN 270.000 tỷ đồng, chiếm 1,64%)"
17 vụ vi phạm, nhưng không có cán bộ hải quan tham nhũng
Ngoài vấn đề nợ thuế không thể thu hồi, báo cáo của Cục Hải quan TP. HCM khẳng định: Qua 5 năm 2011 - 2015, mặc dù có hơn 17 vụ việc vi phạm hoạt động hải quan, song theo kiểm tra kết luận của các cơ quan chức năng không xác định được cán bộ nào có hành vi tham nhũng.
Theo Cục Hải quan TP. HCM về công tác phát hiện, xử lý vi phạm pháp luật hoạt động hải quan và xử lý tham nhũng, trong 5 năm 2011 - 2015, Cục đã phát hiện hơn 25.600 vụ vi phạm, chuyển nhiều vụ việc sang cơ quan chức năng như Viện Kiểm sát, cơ quan Công an khởi tố, điều tra.
Đặc biệt, trong 5 năm qua, Cục này đã xử lý kỷ luật 17 vụ việc vi phạm với 57 cán bộ công chức không thực hiện đúng chức năng thẩm quyền, trình tự, thủ tục liên quan đến nhiệm vụ, công vụ. Việc phát hiện hành vi vi phạm phải chịu các hình thức kỷ luật này dựa trên các kết luận của cơ quan điều tra, bản án của Tòa án hoặc kết luận của đoàn thanh tra, kiểm tra.
Tuy nhiên, Cục Hải quan TP. HCM khẳng định: Trong các kết luận điều tra, bản án hoặc kết luận thanh tra, các cơ quan đều không thể hiện có công chức nào có hành vi vi phạm để vụ lợi. Chính vì vậy, xét theo quy định của luật, thì chưa đủ căn cứ để xác định có hành vi tham nhũng đối với hơn 57 cán bộ công chức của ngành này.
Mặc dù chưa có cơ sở xác định có các hành vi tham nhũng, nhưng khi xảy ra những vụ việc trên, Cục Hải quan TP. HCM đã xem xét kỷ luật 1 Phó Chi cục trưởng, 1 Đội trưởng và 1 Phó Đội trưởng vì thiếu nhạy bén trong chỉ đạo, chưa làm hết trách nhiệm để phát sinh vụ việc gây mất uy tín.
Riêng các vi phạm về thủ tục hải quan, Cục Hải quan TP. HCM khẳng định hoạt động nghiệp vụ về các thủ tục hải quan của DN đang chiếm khoảng 80%, số còn lại chủ yếu là vi phạm về thời hạn tạm nhập tái xuất, chất lượng hàng hóa, chứng từ lưu trữ.... Về số thu ngân sách, trong 5 năm qua, Cục Hải quan TP. HCM đã thu từ xử phạt vi phạm hành chính hơn 94.422 tỷ đồng, thu từ bán hàng tịch thu theo các Quyết định xử phạt là hơn 26.122 tỷ đồng và thu từ bán hàng tồn đọng (riêng năm 2015) là hơn 2.000 tỷ đồng.