Theo đơn khởi kiện, năm 2010-2011, Công ty đã ký hợp đồng vay vốn bằng phânn bón với Hội Nông dân thị trấn Nho Quan để phục vụ sản xuất vụ Đông Xuân năm 2010-2011 và vụ mùa năm 2011.
Sau khi ký hợp đồng, Công ty đã bàn giao cho Hội Nông dân các loại phân bón NPK Ninh Bình với khối lượng 351 tấn, giá trị là 1,24 tỷ đồng. Thời gian thanh toán hoàn vốn chậm nhất vào ngày 30/6/2011. Hội Nông dân thị trấn được hưởng chiết khấu thương mại, chi phí vận chuyển lưu kho.
Đến nay Hội Nông dân thị trấn chưa thanh toán số tiền 599 triệu đồng mặc dù Công ty có nhiều văn bản đôn đốc. Công ty buộc khởi kiện ra tòa án. Đại diện Hội Nông dân thị trấn Nho Quan cho rằng, đây là khoản nợ cá nhân của lãnh đạo tiền nhiệm. Chủ tịch hội không bàn giao lại khoản nợ cho người kế nhiệm.
Tuy nhiên, tòa án thấy rằng, hợp đồng ký kết sử dụng con dấu của Hội Nông dân nên Hội phải thanh toán số tiền còn nợ cho doanh nghiệp.
Mặc dù thắng kiện nhưng khả năng thu hồi nợ không cao. Bởi theo trình bày của cựu Chủ tịch Hội Nông dân thị trấn Nho Quan, thì hội đã cung cấp phân lân cho Doanh nghiệp tư nhân Nam Láng. Đến nay, doanh nghiệp này đang làm ăn thua lỗ nên không có khả năng trả nợ.
Báo cáo tài chính giữa niên độ năm 2020 của NFC thể hiện, tổng tài sản Công ty là 212 tỷ đồng, trong đó vốn chủ sở hữu là 178 tỷ đồng, nợ phải trả là 34 tỷ đồng. 6 tháng đầu năm 2020, Công ty ghi nhận đạt doanh thu 268 tỷ đồng; lợi nhuận gộp là 33,5 tỷ đồng; lợi nhuận sau thuế là hơn 6 tỷ đồng. Lợi nhuận giảm đáng kể so với cùng kỳ năm ngoái (giảm 17,57%) do giá nguyên liệu đầu vào tăng.
Công ty có 2,4 tỷ đồng là các khoản nợ xấu chủ yếu đến từ khách hàng là các hội nông dân, trong đó có một số khoản khó đòi.
Được biết, tiền thân Công ty Phân lân Ninh Bình là Nhà máy Phân lân Ninh Bình, Tập đoàn Hóa chất Việt Nam chiếm 51% vốn điều lệ Công ty. Hiện giá cổ phiếu NFC đang đứng giá 5.100 đồng/cp nhưng kể từ cuối năm 2019 thanh khoản gần như bất động.
