Trước khi Nghị định 109/2007/NĐ-CP được ban hành, việc cổ phần hoá doanh nghiệp nhà nước được thực hiện theo Nghị định 187/2004/NĐ-CP. Sự bất cập và nhiều kẽ hở trong việc xác định giá trị doanh nghiệp khi tiến hành chuyển đổi sở hữu đã được đề cập đến khá nhiều khi nghị định này còn hiệu lực. Thậm chí, việc không tính đến giá trị thương hiệu, giá trị lợi thế về đất đai còn là kẽ hở khiến nhiều đối tượng trong và ngoài doanh nghiệp lợi dụng để chia chác tài sản của Nhà nước. Vụ việc đấu giá hụt cổ phần của Công ty Intimex là một ví dụ điển hình. Để khắc phục những nhược điểm trên, tháng 12/2007, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 146 hướng dẫn việc thực hiện Nghị định 109, trong đó có nêu cụ thể việc đánh giá giá trị thương hiệu và lợi thế đất đai trong khi xác định giá trị doanh nghiệp...
Tuy nhiên, trong thời điểm giao thời giữa Nghị định 187/2004/NĐ-CP và Nghị định 109/2007/NĐ-CP, vấn đề nảy sinh là, một số doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền công bố giá trị doanh nghiệp sau ngày 1/8/2007 (ngày có hiệu lực của Nghị định 109), đã phê duyệt phương án cổ phần hoá trên cơ sở giá trị doanh nghiệp được công bố (không tính giá trị thương hiệu, giá trị lợi thế về đất đai) để triển khai các bước chuyển đổi sở hữu tiếp theo. Nhưng do ngày 6/12/2007, Thông tư hướng dẫn mới ban hành (Thông tư 146) và có hiệu lực từ ngày 2/1/2008, nên việc định giá doanh nghiệp vẫn dựa trên Thông tư số 126/2004/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 187. Điều đó đã dẫn đến giá trị doanh nghiệp được công bố chưa phản ánh được giá trị lợi thế về đất, giá trị thương hiệu mà Thông tư 146 hướng dẫn tính vào giá trị doanh nghiệp để cổ phần hoá.
Để giải quyết vướng mắc trên, Bộ Tài chính quy định: Đối với những doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền công bố giá trị doanh nghiệp và phê duyệt phương án cổ phần hoá trước ngày 2/1/2008 (ngày có hiệu lực của Thông tư số 146), triển khai việc bán cổ phần ở bước đã nhận tiền đặt cọc của nhà đầu tư thì vẫn tiếp tục bán đấu giá cổ phần theo phương án và giá trị doanh nghiệp đã công bố. Việc điều chỉnh giá trị doanh nghiệp, vốn nhà nước (gồm cả giá trị lợi thế về đất và giá trị thương hiệu theo hướng dẫn tại Thông tư 146) sẽ thực hiện vào thời điểm doanh nghiệp chính thức chuyển thành công ty cổ phần; đối với những trường hợp còn lại phải xác định lại giá trị doanh nghiệp theo đúng quy định tại Thông tư 146, đồng thời điều chỉnh lại phương án cổ phần hoá theo giá trị doanh nghiệp đã được điều chỉnh lại, rồi mới tiến hành việc bán cổ phần. Như vậy, rõ ràng có không ít doanh nghiệp đã đi được gần nửa con đường cổ phần hoá lại phải quay trở về mốc xuất phát.
