Ngoài ra, ngành giao thông vận tải cũng vừa trình Chính phủ phê duyệt đề án chuyển đổi 4 tổng công ty sang hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con. Đó là Tổng công ty Đường sông miền Bắc, Tổng công ty Tư vấn thiết kế giao thông vận tải, Tổng công ty Đường sông miền
Thời gian gần đây, công tác sắp xếp, đổi mới doanh nghiệp nhà nước, đặc biệt là công tác cổ phần hóa trong ngành có dấu hiệu chững lại. Năm 2006, ngành giao thông vận tải chỉ cổ phần hóa được gần một nửa trong số 74 doanh nghiệp theo kế hoạch của Chính phủ. Sang năm 2007, con số này còn thấp hơn khi nửa đầu năm, số doanh nghiệp được cổ phần hóa chỉ đạt khoảng 7%.
Vì vậy, để đạt ở mức cao nhất tổng số 165 doanh nghiệp phải sắp xếp, chuyển đổi theo chỉ tiêu, ngành giao thông sẽ phải tính đến phương án đẩy mạnh các hình thức khác như thực hiện bán 4 doanh nghiệp; phá sản 5 doanh nghiệp; sáp nhập 5 doanh nghiệp thành doanh nghiệp hạch toán phụ thuộc vào công ty mẹ; làm thủ tục công nhận các công ty nhà nước thực hiện nhiệm vụ công ích; tiếp tục sắp xếp lại các đoạn quản lý đường sông, trong đó chuyển một số đoạn sang hình thức công ty cổ phần Nhà nước nắm cổ phần chi phối; thành lập mới 3 doanh nghiệp.
Bên cạnh đó, Bộ Giao thông Vận tải cũng lên kế hoạch trong 2 năm 2007- 2008 sẽ thực hiện cổ phần hóa, chuyển đổi tất cả các công ty thành viên thuộc các tổng công ty 90, 91 trực thuộc để tạo tiền đề hoàn tất chuyển đổi mô hình hoạt động các tổng công ty trong năm 2009. Phương án đưa ra có thể là chuyển thành tổng công ty cổ phần, tổng công ty mẹ - con hoặc tập đoàn kinh tế theo quy định.
Theo Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Hồ Nghĩa Dũng, đây là mục tiêu phải thực hiện bằng được để tạo điều kiện cho doanh nghiệp trong ngành tiếp cận với tiến trình hội nhập, cạnh tranh trong thời kỳ Việt Nam tham gia WTO. Để đạt được mục tiêu này, Bộ sẽ rà soát lại hệ thống cơ chế chính sách về cổ phần hoá và hoàn thiện theo hướng: mở rộng đối tượng cổ phần hoá, bao gồm cả các doanh nghiệp hoạt động công ích, các đơn vị sự nghiệp.
Bên cạnh đó, Bộ sẽ bổ sung phương thức bán cổ phần lần đầu, quy định về nhà đầu tư chiến lược nước ngoài, chính sách bán cổ phần lần đầu, nâng tỷ lệ cổ phần bán ra ngoài, sửa đổi quy định xác định giá trị doanh nghiệp, tăng cường giám sát việc cổ phần hoá các doanh nghiệp có quy mô lớn...
Bộ Giao thông Vận tải đã yêu cầu lãnh đạo các cục quản lý nhà nước, các tổng công ty 90, 91 cần có sự tập trung chỉ đạo để đẩy tiến độ sắp xếp, đổi mới, phát triển và nâng cao hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp mà trọng tâm là thực hiện cổ phần hóa doanh nghiệp. Mặt khác, ngành sẽ có các phương án linh hoạt đối với các doanh nghiệp không thể cổ phần hóa được thông qua việc lãnh đạo đơn vị chủ quản cần chủ động đề xuất, báo cáo Bộ để trình Thủ tướng Chính phủ cho thực hiện bán hoặc phá sản.
Đối với một số doanh nghiệp công ích có tính đặc thù, các cục quản lý nhà nước chuyên ngành một mặt nghiên cứu đề xuất các giải pháp sắp xếp, đổi mới đối với những doanh nghiệp này, đồng thời có thể nhanh chóng tiến hành cổ phần hóa ngay những đơn vị hội đủ điều kiện.
Do số lượng các doanh nghiệp nhà nước cần tiến hành cổ phần hoá còn nhiều, chủ yếu là doanh nghiệp có quy mô lớn và nắm giữ khối lượng vốn Nhà nước rất lớn, nên Bộ Giao thông Vận tải đã yêu cầu các cục, tổng công ty có kế hoạch thật cụ thể sắp xếp doanh nghiệp nhà nước. Đồng thời, cần tìm cách xóa bỏ tình trạng cổ phần hóa khép kín, tăng lượng cổ phần bán ra ngoài doanh nghiệp, tạo điều kiện cho các nhà đầu tư chiến lược được tham gia với tỷ lệ sở hữu vốn lớn hơn, có vai trò và tác động thực sự làm thay đổi cung cách quản lý, tăng tiềm lực tài chính, công nghệ, thị trường của doanh nghiệp.
