Nghị định cũng đưa ra nhiều ưu đãi cho các doanh nghiệp đầu tư tại địa bàn khó khăn như: Áp mức thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn 15 năm đối với doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 5 năm tiếp theo đối với doanh nghiệp thành lập mới trong lĩnh vực xã hội hóa thực hiện tại địa bàn bình thường; miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn.