Theo đó, thanh tra Chính phủ là cơ quan ngang bộ của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng trong phạm vi cả nước; thực hiện hoạt động thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật.
Thanh tra Chính phủ thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Nghị định số 123/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ và những nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể.
Về thanh tra, Thanh tra Chính phủ có nhiệm vụ lập kế hoạch thanh tra của Thanh tra Chính phủ; hướng dẫn Thanh tra bộ, cơ quan ngang bộ (Thanh tra bộ), Thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (Thanh tra tỉnh) xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra;
Thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật và nhiệm vụ, quyền hạn của bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (Ủy ban nhân dân cấp tỉnh); thanh tra đối với doanh nghiệp nhà nước do Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập;
Thanh tra vụ việc phức tạp, liên quan đến trách nhiệm quản lý nhà nước của nhiều bộ, cơ quan ngang bộ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.
Thanh tra Chính phủ còn có nhiệm vụ kiểm tra tính chính xác, hợp pháp của các kết luận thanh tra và quyết định xử lý sau thanh tra của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và của Chánh Thanh tra bộ, cơ quan ngang bộ, Chánh Thanh tra cấp tỉnh khi cần thiết.
Quyết định thanh tra lại vụ việc đã được Bộ trưởng kết luận nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật khi được Thủ tướng Chính phủ giao; quyết định thanh tra lại vụ việc đã được Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Chánh Thanh tra bộ, Chánh Thanh tra tỉnh kết luận nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật...
Về tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo, Thanh tra Chính phủ có nhiệm vụ tổ chức việc tiếp công dân; tiếp nhận, xử lý đơn khiếu nại, tố cáo; giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của pháp luật; chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân tại trụ sở tiếp công dân của Trung ương Đảng và Nhà nước tại thành phố Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh;
Xác minh nội dung tố cáo, kết luận nội dung xác minh, kiến nghị biện pháp xử lý tố cáo thuộc thẩm quyền giải quyết của Thủ tướng Chính phủ khi được giao; xem xét, kết luận việc giải quyết tố cáo mà Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh đã giải quyết nhưng có dấu hiệu vi phạm pháp luật;
Trường hợp kết luận việc giải quyết tố cáo có vi phạm pháp luật thì kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét, giải quyết lại...
Về phòng, chống tham nhũng, Thanh tra Chính phủ có nhiệm vụ tổ chức, chỉ đạo, hướng dẫn công tác thanh tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về phòng, chống tham nhũng và phòng, chống tham nhũng trong công tác thanh tra;
Thanh tra việc thực hiện pháp luật về phòng, chống tham nhũng tại các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh theo thẩm quyền hoặc chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ; chủ động phối hợp với các cơ quan, tổ chức trong việc phát hiện hành vi tham nhũng;
Thanh tra vụ việc có dấu hiệu tham nhũng; đôn đốc việc xử lý người có hành vi tham nhũng theo quy định của pháp luật và theo phân cấp quản lý cán bộ của Đảng và Chính phủ...
Cơ cấu tổ chức
Thanh tra Chính phủ gồm có 19 đơn vị: Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ;
Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Kế hoạch - Tổng hợp; Văn phòng; Vụ Giám sát, Thẩm định và Xử lý sau thanh tra; Vụ Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khối kinh tế ngành (Vụ I); Vụ Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khối nội chính và kinh tế tổng hợp (Vụ II); Vụ Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khối văn hóa, xã hội (Vụ III);
Cục Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khu vực 1 (Cục I); Cục Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khu vực 2 (Cục II); Cục Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khu vực 3 (Cục III); Cục Phòng, Chống tham nhũng (Cục IV);
Ban Tiếp công dân trung ương; Viện Chiến lược và Khoa học thanh tra; Báo Thanh tra; Tạp chí Thanh tra; Trường Cán bộ Thanh tra; Trung tâm Thông tin.
