Cáo trạng nêu rõ, ông Du từng là Giám đốc CTCP Tập đoàn Nam Cường Hà Nội tại Nam Định. Tháng 4/2010, bị cáo thông tin cho Đỗ Thành Nam (trú tại quận Thanh Xuân) và Nguyễn Văn Đức (trú ở quận Cầu Giấy) cùng nhiều người khác rằng: “Tập đoàn Nam Cường là chủ đầu tư Khu đô thị Dương Nội - Hà Nội và đã phê duyệt các suất đất đối ngoại với tỷ lệ 20% trong 100 héc-ta đất dự án, hiện đã đền bù xong, đang thi công làm hạ tầng tại khu A mở rộng mới. Do mới bắt đầu làm hạ tầng nên chưa tung lên sàn giao dịch bất động sản, nhưng Tập đoàn vẫn có quyền huy động vốn trong phần diện tích đất đối ngoại”.
Bởi vì Du là lãnh đạo Tập đoàn Nam Cường, nên những người có nhu cầu mua đất tại Dự án Dương Nội rất tin tưởng, đến văn phòng đại diện Công ty tại Hà Nội để nộp tiền. Du đã nhờ ông Hoàng Xuân Thủy, là kế toán dưới quyền đứng ra thu tiền của những người có nhu cầu mua đất tại Dự án Dương Nội.
Phạm Trọng Du bảo ông Thủy đó là những suất đất ngoại giao mà bị cáo xin được từ lãnh đạo Tập đoàn Nam Cường để giao dịch. Các phiếu thu tiền đều do Du ký và đóng dấu sẵn, thu tiền của khách xong, ông Thủy đều chuyển hết cho Du.
Từ 23/7/2010 đến 9/5/2011, tổng cộng đã có 23 người tìm đến văn phòng công ty của Du đặt tiền mua các suất đất “ngoại giao” ở Dự án Dương Nội với tổng số tiền hơn 87,5 tỷ đồng. Sau khi nộp tiền, Du hứa hẹn với người mua, từ 1 đến 3 tháng hoặc khi nộp đủ 33% giá trị lô đất, họ sẽ được làm thủ tục Hợp đồng mua bán hoặc Hợp đồng góp vốn.
Sau thời điểm này, không thấy Du thực hiện lời hứa, cũng không trả lại tiền nên các bị hại đã làm đơn tố cáo tới cơ quan công an.
Tại cơ quan điều tra, Du khai đã sử dụng 73,6 tỷ đồng mua USD phục vụ việc làm ăn của bản thân và đã bị hai người nước ngoài (không rõ lai lịch) lừa sạch. Hơn chục tỷ đồng còn lại, Du bù đắp vào các khoản chi phí của Chi nhánh Nam Định do đối tượng làm Giám đốc. Đến khi Du bị bắt, Chi nhánh Nam Định thua lỗ, âm vốn chủ sở hữu 16 tỷ đồng.
Tại cơ quan điều tra, Phạm Trọng Du khai đã có đơn xin đề nghị mua 50 lô đất và đã được cố Chủ tịch Tập đoàn Nam Cường ký và ghi “bút phê” cho phép ông ta được đứng ra giải quyết 50 suất đất ngoại giao ở Dự án Dương Nội. Tuy nhiên, khi Cơ quan điều tra tiến hành giám định chữ ký của cố Chủ tịch Tập đoàn Nam Cường là ông Trần Văn Cường trong văn bản Du cung cấp thì kết quả cho thấy chữ ký không khớp với chữ ký thật.
Thông qua luật sư, ông Du đã đề nghị Viện kiểm sát trưng cầu giám định lại. Bộ Công an cũng đã trưng cầu giám định từ một đơn vị chuyên môn của Bộ Quốc phòng và cho kết quả tương tự.
Trong số 23 người đã trả tiền mua đất cho Du, mới chỉ có 16 người khai báo về hành vi phạm tội của bị cáo và yêu cầu hoàn trả số tiền 68,8 tỷ đồng. Số tiền còn lại, do chưa đủ căn cứ để quy kết trách nhiệm của Du (bị hại không đến làm việc, không xác định được địa chỉ), nên cơ quan điều tra sẽ xem xét giải quyết sau khi bị hại có đơn tố cáo.
Đáng chú ý, Phạm Trọng Du còn là bị can trong vụ án “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, Đưa hối lộ, Làm môi giới hối lộ”, liên quan đến việc “chạy” án trong vụ án Phương Linh Hột giết người từng khuấy động dư luận hồi năm 2013.
Theo kế hoạch, Tòa án Nhân dân TP. Hà Nội đưa vụ án này ra xét xử vào cuối tháng 6. Tuy nhiên, Luật sư Hoàng Huy Được, bào chữa cho Phạm Trọng Du có đơn xin tạm hoãn phiên tòa với lý do luật sư có phiên tòa cùng ngày. Bị cáo Du cũng đề nghị hoãn phiên tòa vì sức khỏe yếu (bị bệnh gút). Hội đồng xét xử sau khi hội ý đã quyết định tạm hoãn phiên tòa.