Nguyên nhân của sự sụt giảm Chỉ số giao dịch thương mại qua biên giới theo đánh giá khách quan, một số quốc gia có sự cải thiện vượt bậc về hoạt động giao thương hàng hoá qua biên giới như Brazil, Nga, Ấn Độ, đặc biệt trong khu vực ASEAN là Maylaysia và Lào.
Cụ thể, Malaysia tăng 13 bậc từ vị trí 61 lên vị trí 48/190 quốc gia nhờ đẩy mạnh hải quan điện tử, quản lý rủi ro và nâng cấp cơ sở vật chất, cũng như hệ thống quản lý hoạt động tại cảng biển chính Klang. Còn với Lào, quốc gia này đã tăng 48 bậc từ vị trí 124 lên vị trí 76/190 quốc gia.
Ngân hàng Thế giới đánh giá, kết quả này có được nhờ việc đơn giản hoá quy trình thông quan hàng tại cửa khẩu. Ngoài 2 nước trên, 8 quốc gia còn lại trong ASEAN đều bị giảm từ 2-7 bậc trong bảng xếp hạng.
Ngân hàng Thế giới đưa ra một số nguyên nhân chủ quan về kết quả giảm bậc này của Việt Nam như việc ứng dụng công nghệ thông tin chưa phủ tất cả các lĩnh vực quản lý Nhà nước về Hải quan; Đặc thù các văn bản quy phạm pháp luật thường xuyên thay đổi, dù các thụ tục để trình phê duyệt dự án xây dựng hệ thống công nghệ lại phải trải qua nhiều bước, nhiều thủ tục nên mức độ đáp ứng của hệ thống công nghệ thông tin đôi khi không theo kịp các quy định pháp luật mới.
Việc áp dụng các biện pháp quản lý rủi ro trong nghiệp vụ hoạt động hải quan còn một số hạn chế do cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin chưa đồng bộ, công tác lựa chọn soi chiếu vẫn chưa đáp ứng hoàn toàn yêu cầu quản lý…
Về hoạt động quản lý kiểm tra chuyên ngành và triển khai cơ chế một cửa quốc gia, một cửa ASEAN, số lượng hàng hoá phải kiểm tra chuyên ngành còn chiếm tỷ trọng lớn; nhiều mặt hàng chưa có mã số HS, chưa có đầy đủ tiêu chuẩn, quy chuẩn để thực hiện việc kiểm tra, một hàng hóa phải thực hiện cùng lúc nhiều thủ tục, chịu quản lý kiểm tra của nhiều bộ ngành…
Về hoạt động kho bãi, logistic, một số địa phương có tình trạng số lượng kho bãi lớn nhưng nằm rải rác, dàn trải, không có định hướng cụ thể nên hiệu quả kinh doanh của không ít kho bãi chưa hiệu quả, lượng hàng hóa ít…
Riêng đối với cảng Cát Lái, là cảng có lưu lượng hàng hoá xuất nhập khẩu lớn nhất cả nước nhưng hạ tầng thiếu đồng bộ và kết nối. Tình trạng kẹt xe trong nhiều giờ trên trục đường Đồng Văn Cống (quận 2), Nguyễn Văn Linh (quận 7) đã gây thiệt hại cho doanh nghiệp, đẩy chi phí logistics tăng cao.
