Đứng trước thực tế này, Quốc hội phải tìm cách tăng thu đi đôi với giảm chi. Việc đầu tiên của giảm chi được nhiều đại biểu Quốc hội tính đến là "xử lý" tối đa khoản chi 1.641 tỷ đồng mà các tập đoàn, tổng công ty, ngân hàng thương mại nhà nước đề nghị được ngân sách bố trí để thực hiện các dự án đầu tư phát triển.
Theo Chủ nhiệm Uỷ ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội Phùng Quốc Hiển, ngoài khoản đầu tư trở lại cho Tập đoàn Dầu khí 4.900 tỷ đồng (đã cắt giảm 4.100 tỷ đồng so với số mà tập đoàn này đề nghị) lấy từ nguồn lãi dầu khí được chia cho nước chủ nhà để đầu tư vào các dự án trọng điểm và thực hiện tìm kiếm thăm dò dầu khí thì Quốc hội chỉ chấp thuận một số khoản chi khác cho DNNN, do các đơn vị này phải thực hiện đầu tư theo yêu cầu của Chính phủ. Cụ thể, bố trí 997 tỷ đồng, trong đó vốn nhà nước 785 tỷ đồng để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng đường sắt và giao cho Tổng công ty Đường sắt thực hiện nhằm hiện đại hoá tuyến đường sắt Bắc - Nam, nâng cấp tuyến đường sắt Hà Nội - Lao Cai, Hà Nội - Hải Phòng; bố trí 106 tỷ đồng, trong đó vốn nhà nước 95 tỷ đồng để đầu tư cơ sở hạ tầng cảng biển và giao cho Tổng công ty Hàng hải thực hiện; bố trí 100 tỷ đồng (cắt giảm 57 tỷ đồng) cho Tập đoàn Điện lực để thực hiện các dự án cung cấp đường chuyền tải điện cho một số địa phương. Ngoài ra, ngân sách chỉ bố trí thêm 60 tỷ đồng để cấp bù chênh lệch lãi suất cho các ngân hàng thương mại vì những tổ chức tín dụng này đã thực hiện cho vay ưu đãi một số dự án đầu tư theo chỉ đạo của Chính phủ.
Như vậy, sau khi cân nhắc, cuối cùng Quốc hội cũng cắt giảm được 251,6 tỷ đồng so với con số mà các tập đoàn kinh tế, tổng công ty "đề xuất". "Những khoản đầu tư khác, các tập đoàn và tổng công ty phải sử dụng từ quỹ đầu tư phát triển, từ nguồn cổ phần hoá được để lại và phải chủ động huy động các nguồn vốn khác để thực hiện", ông Hiển cho biết.
Mặc dù năm 2008, ngân sách đã chấm dứt bù lỗ đối với giá xăng, từ ngày 21/7/2008 cũng chấm dứt việc bù lỗ đối với giá dầu hoả, dầu mazut và kể từ ngày 6/9/2008, "chính sách giá theo cơ chế thị trường" đã được áp dụng đối với mặt hàng diesel, thế nhưng theo ông Hiển, 11 đầu mối nhập khẩu kinh doanh xăng dầu (trong đó Tổng công ty Xăng dầu chiếm thị phần lớn nhất) đã có lãi lớn, cho dù Bộ Tài chính nâng thuế nhập khẩu xăng dầu lên 20% và các đầu mối đã chủ động giảm giá bán lẻ, vì vậy để giảm chi (bù lỗ) cho các DNNN kinh doanh mặt hàng xăng dầu, Chính phủ cần chỉ đạo các cơ quan hữu quan rà soát lại số bù lỗ kinh doanh xăng dầu năm 2008, đồng thời tiếp tục điều chỉnh giá bán lẻ cho phù hợp với thị trường và áp thuế nhập khẩu linh hoạt để tăng thu cho ngân sách.
Ngoài việc "thắt chặt" nguồn chi cho DNNN, để bảo đảm cân đối ngân sách năm 2009, Quốc hội cũng lo lắng trước thực trạng nợ đọng, trốn thuế, gian lận thuế của các DN nói chung, DNNN nói riêng.
Theo Bộ Tài chính, thực hiện Luật Quản lý thuế, công tác quản lý thuế đã có bước chuyển biến cơ bản. Cơ quan thuế và hải quan đã thực hiện phân loại từng khoản nợ đọng, từng đối tượng nộp thuế và xử lý kiên quyết hơn, nhờ vậy trong 8 tháng đầu năm nay số nợ đọng thuế nội địa đã thu được gần 2.000 tỷ đồng, gấp 1,8 lần so với cùng kỳ năm 2007. Tuy nhiên, gần đây hiện tượng nợ đọng thuế lại có xu hướng gia tăng, một mặt do tình hình sản xuất - kinh doanh gặp khó khăn, mặt khác do Luật cho phép kéo dài, giãn thời hạn nộp thuế và giảm thuế đối với các đơn vị sản xuất - kinh doanh gặp khó khăn do khách quan nhằm giúp DN duy trì và phát triển sản xuất - kinh doanh và xuất khẩu nên số nợ đã tăng trở lại, ước bằng 3,18% số thu.
Đứng trước nguồn thu vẫn còn eo hẹp, trong khi nguy cơ giảm thu, thất thu, bội chi, lạm chi vẫn chưa được giải quyết triệt để, Quốc hội quyết định sửa đổi, bổ sung lại dự thảo Nghị quyết (đã trình Quốc hội vào đầu kỳ họp).
Theo đó, năm 2009, Chính phủ phải tiếp tục thực hiện chính sách tài khoá chặt chẽ, triệt để tiết kiệm và nâng cao hiệu quả chi, giảm bội chi, phối hợp đồng bộ chính sách tài khoá với chính sách tiền tệ và các chính sách khác để thực hiện có hiệu quả mục tiêu kiềm chế lạm phát, chủ động ngăn ngừa suy giảm kinh tế, bảo đảm an sinh xã hội, tháo gỡ khó khăn, thúc đẩy kinh tế phát triển. Đặc biệt, trong bản Nghị quyết vừa được Quốc hội thông qua với 88,44% số phiếu thuận, Quốc hội đã giao Chính phủ thực hiện miễn thuế, giảm thuế, giãn tiến độ nộp thuế có thời hạn đối với một số DN gặp khó khăn, nhất là DN nhỏ và vừa để thúc đẩy hoạt động sản xuất - kinh doanh, đồng thời thực hiện ráo riết công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm toán nhằm nâng cao hiệu quả quản lý thuế, giảm tối đa thuế nợ đọng, chống thất thu, xử lý nghiêm các trường hợp gian lận thuế, trốn thuế.