Theo đó, nhiệm vụ thu chi ngân sách được Quốc hội quyết định bao gồm tổng số thu là 816.000 tỷ đồng, tổng số chi là 978.000 tỷ đồng, bội chi là 162.000 tỷ đồng, tương đương 4,8% GDP. Mức bội chi sau này được Quốc hội điều chỉnh tăng lên 195.500 tỷ đồng, tương đương 5,3% GDP.
Đến nay Chính phủ đề nghị quyết toán số thu là 828.348 tỷ đồng; tăng 1,5% (12.348 tỷ đồng) so với dự toán chủ yếu do tăng thu từ dầu thô và tăng thu tiền sử dụng đất.
Về chi, Chính phủ đề nghị quyết toán 1.088.153 tỷ đồng, tăng 11,3% so với dự toán, chủ yếu tăng chi đầu tư phát triển (96.680 tỷ đồng).
Số bội chi đề nghị quyết toán là 236.769 tỷ đồng, vượt 41.269 tỷ đồng so với mức Quốc hội đã điều chỉnh, bằng 6,6% GDP thực tế.
Nguyên nhân, theo Chính phủ là do tăng chi từ nguồn vốn ODA là 29.422 tỷ đồng và tăng chi trả nợ Quỹ hoàn thuế giá trị gia tăng 13.190 tỷ đồng phát sinh năm 2011, nên theo quy định phải tăng mức bội chi ngân sách tương ứng
Cụ thể, số tăng chi vốn ODA chủ yếu cho đầu tư (28.682 tỷ đồng), gồm: đầu tư các dự án cần đẩy nhanh tiến độ nên giải ngân cao hơn dự kiến, như dự án Cảng quốc tế Cái Mép - Thị Vải, Cầu Nhật Tân, Đường sắt Đô thị Hà Nội - Hà Đông… và có 5.773 tỷ đồng giải ngân từ năm trước, sang năm 2013 đủ thủ tục ghi thu ghi chi vào ngân sách nhà nước theo quy định.
Số tăng chi đầu tư nêu trên chủ yếu cho lĩnh vực giao thông, nông và lâm nghiệp. Bên cạnh đó nhờ kiểm soát chặt chẽ và tiết kiệm chi ngân sách từ nguồn vốn trong nước giảm 1.343 tỷ đồng nên mức tăng bội chi là 41.269 tỷ đồng, Bộ trưởng nói.
Với kết quả thực hiện dự toán thu, chi, bội chi như trên, tính đến 31/12/2013, so với GDP thực tế, dư nợ Chính phủ bằng 42,6%, dư nợ ngoài nước của quốc gia bằng 37,3%, nợ công bằng 54,5%; trong giới hạn theo quy định của Quốc hội.
Báo cáo thẩm tra quyết toán ngân sách Nhà nước của Uỷ ban Tài chính - Ngân sách đánh giá, với tình hình kinh tế khó khăn trong năm 2013, Chính phủ đã có nhiều cố gắng trong việc thực hiện công tác thu.
Tuy nhiên, việc báo cáo Quốc hội tại kỳ họp thứ 7 về tình hình thu, chi ngân sách nhà nước năm 2013 chưa thật sát thực tế, cùng với việc xử lý nợ quỹ hoàn thuế và tăng chi từ vốn ODA đã làm tăng mức bội chi và đẩy nợ công tăng nhanh so với mức nợ công đã báo cáo Quốc hội. Việc tăng bội chi so với mức báo cáo Quốc hội thể hiện việc chấp hành kỷ luật tài chính chưa nghiêm.
Mặt khác việc tăng chi ODA do giải ngân tăng nhanh Chính phủ chưa báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội là chưa phù hợp với quy định hiện hành. Tuy nhiên, đây là số đã phát sinh, do vậy, Ủy ban tài chính ngân sách vẫn đề nghị Quốc hội cho phép quyết toán số tiền này.
Đáng chú ý, theo báo cáo của Bộ Tài chính, do khó khăn về nguồn bố trí để xử lý cấp bù lãi suất tín dụng ưu đãi cho Ngân hàng chính sách xã hội và Ngân hàng phát triển, nên còn nợ 2 ngân hàng này rất lớn. Đến hết năm 2013 nợ 11.600 tỷ đồng, đến hết 2014 nợ 15.200 tỷ đồng.
Ngoài ra, đối với khoản 16.000 tỷ đồng hỗ trợ ngư dân đóng tàu đánh bắt xa bờ, đóng tàu, trang thiết bị cho cảnh sát biển, lực lượng kiểm ngư theo nghị quyết của Quốc hội mới triển khai, tỷ lệ giải ngân còn thấp.
Ủy ban Tài chính ngân sách đề nghị Quốc hội cho phép chuyển nguồn để tiếp tục thực hiện và đề nghị Chính phủ có giải pháp phù hợp để bảo đảm giải ngân nguồn vốn này kịp thời, hiệu quả.