Hầu hết ngân hàng không thu phí đăng ký dịch vụ, phí thường niên hay phí đổi mật khẩu
Tiện ích này cho phép khách hàng chuyển tiền đến những tài khoản khác, thanh toán hóa đơn, thực hiện các yêu cầu và kiểm tra bất cứ giao dịch nào được thực hiện tại tài khoản của mình. Các sản phẩm giao dịch trực tuyến được áp dụng phổ biến hiện nay là Internet Banking, Phone Banking, SMS Banking, Mobile Banking và Home Banking.
Theo tìm hiểu của Đầu tư Chứng khoán, đối với gói truy vấn, hầu hết ngân hàng đều không thu phí đăng ký dịch vụ, phí thường niên hay phí đổi mật khẩu, nhưng khách hàng sẽ phải trả phí khôi phục dịch vụ sau khi tạm huỷ. Việc chuyển tiền nội bộ trong hệ thống ngân hàng cũng được miễn phí, nhưng chuyển tiền giữa các ngân hàng với nhau sẽ mất phí. Các mức phí cũng có khác biệt khá lớn tại các ngân hàng. Ví dụ, chuyển tiền nội tỉnh tại Ngân hàng TMCP Tiên Phong giá trị dưới 500 triệu VND có mức phí là 8.000 VND hoặc 1 USD (EUR); giá trị cao bằng hoặc trên 500 triệu VND phí phải trả là 0,01%, tối thiểu là 20.000 VND hoặc 2 USD (EUR), tối đa là 300.000 VND hoặc 20 USD (EUR). Chuyển tiền liên tỉnh, khách hàng phải trả phí là 0,04%, tối thiểu là 20.000 VND hoặc 2 USD (EUR), tối đa là 600.000 VND hoặc 50 USD (EUR).
Còn Ngân hàng TMCP Á Châu thu 50.000 VND/lần phí gia nhập và 100.000 VND/năm phí thường niên sử dụng dịch vụ giao dịch trực tuyến. Phí chuyển tiền nội tỉnh của ngân hàng này là 0,01%, tối thiểu 10.000 VND/món và tối đa là 500.000VND/món; liên tỉnh 0,05%, tối thiểu là 20.000 VND/món và tối đa là 1.000.000 VND/món
Mặc dù giao dịch trực tuyến được đánh giá cao bởi nhiều tiện ích, những không phải không có những bất cập, như khi khách hàng có vướng mắc thì phải gọi điện thoại mới được nhân viên giải đáp (mà không phải lúc nào cũng được giải đáp ngay), chứ không được giải quyết ngay như khi thực hiện giao dịch truyền thống tại quầy. Đặc biệt, vấn đề quan trọng mà khách hàng rất quan tâm là hệ thống bảo mật, an toàn. Về vấn đề này, các chuyên gia công nghệ cho rằng, điều này cũng tuỳ thuộc vào nhận thức về bảo mật của từng ngân hàng. Các đơn vị ý thức cao về vấn đề này thì ngay từ đầu triển khai dịch vụ giao dịch trực tuyến, vấn đề bảo mật sẽ được thực hiện bài bản và chắc chắn. Trên thực tế, tỷ lệ rủi ro khi khách hàng sử dụng giao dịch trực tuyến trên Internet Banking hay
Để đảm bảo an toàn khi sử dụng dịch vụ này, lời khuyên của các chuyên gia là: khách hàng cần chú ý sử dụng ngân hàng trực tuyến qua một máy tính an toàn như máy tính cá nhân tại nhà hoặc văn phòng, tránh sử dụng máy tính nơi công cộng; đồng thời, luôn kết hợp chữ và số trong mật khẩu; và cuối cùng, cần giữ cho máy tính không bị nhiễm virut.
